人乳头瘤病毒高危型持续感染为宫颈上皮癌变的重要诱因,乙肝病毒则为肝炎的主要引起病毒,并且与肝癌的关系密切。在生化层面上来看人乳头瘤病毒及乙肝病毒致癌与病毒蛋白表达及宿主自身的免疫反应密切相关。在基因组层面上来看,人乳头瘤病毒,乙肝病毒已经被证实可以插入到人类基因组中,并且可促发基因组不稳定性,各类结构变异。由于缺少高通量,廉价且精确的检测技术,关于两类病毒插入到人类基因组的规律性,一直没有得到深入的研究。二代测序技术具有大通量,用时短,高精度,节省成本的明显优势,因此对于大规模病毒整合规律性研究,它是非常合适及有力的工具。基于以上因素,我们发明了一种液相芯片捕获,二代测序技术以及信息分析相结合的方法,检测病毒整合的位置,并对病毒HPV,HBV整合规律进行研究。本研究首先通过液相芯片捕获技术,捕获到既含有病毒也含有人类基因组的片段序列,而后将捕获到的序列进行高通量二代测序平台测序,最后利用高通量信息分析技术,对病毒整合位点进行检测。我们采用了28个经过全基因组测序得到HBV整合位点信息的样本,进行新方法的再次检测,发现89%的全基因组检测到的HBV整合位点可以被再次检测到,并且可以发现许多新的整合位置。而后对大量肝癌样本的整合位置规律性进行研究,发现乙肝病毒整合明显趋向于TERT,KMT2B,CCNA2等热点基因,同时对TERT有整合的样本进行预后分析,发现TERT基因上有整合样本预后较差,说明乙肝病毒整合不但具有规律性,且有潜力作为临床应用的新指标。采用相似的方法,我们对人乳头瘤病毒引起的宫颈癌样本的整合规律性进行了调查,发现宫颈癌中也存在病毒整合热点,例如FHIT基因,并且在HPV基因组上也存在着容易发生整合的区域,例如E1基因。同时初步探索了人乳头瘤病毒整合对蛋白表达的影响,发现病毒整合影响了FHIT基因蛋白表达水平。虽然两类病毒(HPV,HBV)整合的基因有明显差别,但通过基因通路分析,发现整合基因在癌通路上都显著富集,说明病毒整合与癌具有密切的关系。通过对液相捕获技术改进,我们又开发了一种可以检测三种病毒整合的芯片探测技术,同时一次可以检测三个种类的病毒整合。并且通过这种芯片对癌前病变患者宫颈脱落细胞进行整合检测,可以有效发现整合现象;同时也对肝癌患者血浆游离DNA进行检测,也可以发现病毒整合。本研究中我们开发了一种新的探测病毒整合的方法,该方法具有低成本,高可靠性,高敏感性及精确性特点,并且对肝癌中HBV病毒整合及宫颈癌中HPV病毒整合规律进行了研究,为病毒整合应用于临床奠定了理论及技术基础。