新型农村合作医疗制度自2003年1月16日《国务院办公厅转发卫生部等部门关于建立新型农村合作医疗制度意见的通知》以来迅速在全国范围内推广，按照计划2008年就可以实现全覆盖的目标。但是，与新农合试行初期不同，这几年国家日益重视城乡统筹建设，并于2007年6月设立了国家统筹城乡综合配套改革实验区全面进行城乡统筹相关的制度改革试点，在这样的社会背景下，新农合除了按照原计划继续推广外还应该进行什么样的改革来适应新的时代需求？改革又应该选择什么样的模式？本文通过对我国二元经济和社会结构的分析以及新农合制度本身的研究，结合国内典型地区新农合改革试点情况，借鉴国外城乡统筹医疗保险制度的经验，提出了城乡统筹背景下新农合改革模式的建议:新农合应该与日益成熟的城镇居民基本医疗保险制度合并建立城乡居民基本医疗保险制度，突破二元社会保障制度格局，改变二元经济结构，缩小城乡差距实现城乡统筹。