基于16S rRNA基因序列的系统发育关系，钩端螺旋体可分为至少21个基因种。此21个种可划分为3类：致病型、中间型和腐生型。致病型钩体会引起人兽共患的钩端螺旋体病，此病呈全球分布。相对于其它致病菌，人们对钩体的生理、毒力因子以及致病机制的研究进展缓慢。这一方面是由于钩体的生理结构和遗传进化特殊且生长缓慢；另一方面则是没有建立有效的针对致病型钩体的遗传操作系统。基于对钩体56609株及桂44株的全基因组测序，本课题组已发现问号钩体基因组中除大小染色体外，还存在染色体外遗传物质——环状质粒。这一发现为研究钩端螺旋体基因组的多样性及复杂性提供了新的思路及方法。但是钩体的质粒的大小较大，且为单拷贝，同时质粒核苷酸序列中存在大量与染色体基因组高度同源的重复序列，这为质粒的分离与鉴定带来了一定的挑战。迄今为止，钩体质粒的鉴定只能依赖于全基因组测序的完成。　　目前已有2株哈焦型博氏钩体的全基因组序列完成，均有大小两个染色体组成，且均为国外流行株。本研究通过高通量测序，完成了一株在我国流行的博氏钩体拜伦群拜伦型56604株的全基因组测序工作。本研究首次发现博氏钩体中，除大小染色体外，还存在2个环状质粒，并命名为lbp1和lbp2。结合生物信息学分析预测、原位脉冲场凝胶电泳（PFGE）分离、Southern Blot等实验方法，证实了56604株中lbp1和lbp2的确为独立于染色体之外的复制子。　　为了有效鉴定钩体中的质粒，我们建立了不依赖于基因组测序的质粒鉴定——S1-PFGE法。基于此方法，成功鉴定到中国15株钩体流行株中有13株存在质粒。在此基础上，以质粒特异性探针lcp1-rep、lcp2-rep、lcp3-rep进行Southern杂交，发现13株钩体菌株中所鉴定到的共24个质粒可分为三类：lcp1型、lcp2型、lcp3型质粒。进一步以lcp1-rep、lcp2-rep、lcp3-rep序列与目前已公布的429株钩体基因组draft数据进行比对分析，发现rep序列仅分布于致病型钩体中。已知基于鉴定到的钩体质粒上的rep基因，可以构建穿梭质粒。基于质粒的不相容性，穿梭质粒能成功转化不含相同rep基因质粒的钩体致病株。因此，此方法提供了一种快速鉴定钩体中质粒的方法，并可用于指导钩体的遗传转化。