1999年,我国高校开始大规模扩招,高等教育也驶入了发展的快车道,截至2011年底,我国普通高校数量达到2409所,其中本科院校1129所,专科院校1280所。发展是一把双刃剑,给高校带来的有机遇也有挑战。高校在蓬勃发展的同时,也存在很多问题。近年来高校的发展进入了一个重要的历史时期,市场经济的发展同时加剧了教育行业的竞争,财务风险在高校中也已经非常普遍。高校财务风险频发,引发了人们对高等教育的担心和疑虑。如果财务管理方面存在一些大大小小的问题,很可能就会引发高校的财务风险,严重的甚至很可能导致一些高校从此倒闭。2007年,吉林大学官方网站上挂出“吉林大学关于召开征集解决学校财务困难建议座谈会的通知”,吉林大学的严重财务危机才被公之于众,这个消息曾经轰动一时。如果高校对其自身财务的管理不到位,就会很可能引来财务危机,这个问题应该引起各高校的高度重视。对于高校财务风险管理,从当前我国的现状来看,对防范高校财务风险的相应机制和措施的研究还处于快速发展之中,但是总体上来说还不太成熟。财务风险防范受到越来越多的高校的关注,正确的判断和识别风险、构建有效的防范财务风险的审计预警机制、及时地防范潜在或已经存在的风险是目前我国高校十分迫切的话题。高校的举办者和投资者应该从微观角度上,从内部审计的角度积极主动建立自身学校财务风险防范和预警机制,这是因为学校的管理者和所有者有义务和责任管理好学校,并使其发展壮大。建立完善的财务风险审计预警机制,对高校财务风险的管理,具有重要的理论意义和现实意义。本文在借鉴企业财务风险的防范和预警机制的基础上,通过分析高校的财务风险传导机制和具体的财务风险类型,通过问卷调查的方式总结了高校财务风险管理存在的问题,并深入分析了问题产生的原因,接着引入了构建高校财务风险审计预警机制的必要性和可行性,构建了防范高校财务风险的审计预警指标体系,并利用matlab软件运用层次分析法和功效系数法对构建的指标体系进行了实证分析。最后文章从三个方面提出了对该机制的保障措施。任何防范财务风险的审计预警机制都不会是十全十美的,本文提出的预警模式也还存在着很多局限性和不足,期待在以后的研究中,能够进一步加强和改进,使防范高校财务风险的审计预警机制能够发挥更大的实践作用。