骨髓增生异常综合征合并大颗粒淋巴细胞白血病患者临床与实验室特征及全外显子测序研究

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研究背景与目的:骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)是一组起源于造血干/组细胞的异质性恶性克隆性疾病,且高风险向急性髓系白血病(AML)转化。MDS患者的髓系细胞发育异常,主要表现为无效造血及难治性血细胞减少。大颗粒淋巴细胞白血病(Large granular lymphocyte leukemia,LGLL)是一种少见的克隆性淋巴细胞增殖性疾病,2016年WHO将其归类于成熟T细胞和自然杀伤细胞肿瘤。MDS合并LGLL发病率低,近20年来,仅31例患者被报道患有MDS并发LGLL(MDS-LGLL)。与MDS患者相比,MDS-LGLL患者血红蛋白水平更低,红系发育不良更为常见。目前,MDS-LGLL患者的基因突变数据非常有限,机制尚不明确。本研究中,我们不仅描述了 10例MDS-LGLL病例的临床及实验室特征,而且通过全外显子测序技术(Whole-exome sequencing,WES)对MDS-LGLL患者的突变基因进行了更深入和全面的分析。研究目的:提高对MDS-LGLL病例临床、实验室特征的认识,通过全外显子测序技术分析MDS-LGLL病例的基因突变特征。方法:1.描述10例MDS-LGLL患者的临床指标及实验室检查结果;2.描述10例MDS-LGLL患者的病理特征及免疫、分子表型;3.通过二代测序技术对10例MDS-LGLL患者DNA进行检测,报告了与血液系统疾病发生密切相关的114个基因的突变情况;4.对单例MDS-LGLL患者分别在早期诊断为MDS时期及确诊为MDS-LGLL时期的两份骨髓样本进行全外显子测序,分别对突变基因及进行Gene ontology(GO)富集分析、蛋白相互作用网络分析及差异基因富集分析;5.分别对三例MDS-LGLL患者的骨髓样本进行全外显子测序,对三例患者的共有突变基因进行GO分析、KEGG分析和蛋白质相互作用网络分析,筛选出特征突变及对突变基因进行功能预测。结果:1.描述了 1 0例MDS-LGLL患者的临床及实验室特征;2.10例MDS-LGLL患者的二代测序显示:在与血液系统疾病发生密切相关的114个基因中,共发现了 37个基因的突变。其中,组蛋白修饰基因ASXL1(3/10,30%)和粘连蛋白复合物基因STAG2(3/10,30%)突变率最高;3.单例MDS-LGLL不同时期样本全外显子测序对比显示:MDS进展到MDS-LGLL的过程中,H3K4单甲基化通路富集明显增加、ZAP-70易位通路富集明显减少。4.对三例MDS-LGLL全外显子测序数据分析发现:MF组突变基因富集最明显的通路主要集中于ATP结合、DNA结合转录因子活性通路,为RNA聚合酶2特异性、组蛋白结合、组蛋白去甲基化酶结合、H3K4组蛋白甲基转移酶活性等通路;BP组突变基因富集最明显的通路是主要集中于RNA聚合酶2负性转录调控通路、DNA模板转录调节、细胞分化调控、组蛋白H3K4单甲基化、二甲基化、T细胞分化正向调节等通路;在CC组,突变集中富集最明显的通路在细胞核、细胞质膜、线粒体、转录调节复合物、组蛋白甲基转移酶复合物等。KEGG富集分析显示突变基因富集最多的通路是:代谢相关通路、肿瘤相关通路、PI3K-AKT通路、MAPK通路、Th17、Th1、Th2细胞分化、PD-L1表达和PD-1检查点通路等。5.用三个在线蛋白质功能预测网站Provean,Sift,Polyphen-2对筛选出的50个突变频率最高的共有突变进行突变功能预测,发现CCL3L1c.272T>C位点和RGPD5c.3131C>G位点基因突变在三个网站均显示为有害突变。通过Sanger测序验证,10例MDS-LGLL患者CCL3L1 c.272T>C位点和RGPD5 c.3131C>G位点的突变率分别为 50%、70%。结论:MDS和LGLL可以共同发生,但发病率较低且机制尚未明确。MDS-LGLL患者中,最多见的MDS亚型为MDS-MLD,所有MDS-LGLL患者均发生了贫血和红系发育不良。组蛋白修饰基因ASXL1(3/10,30%)和粘连蛋白复合物基因STAG2(3/10,30%)是114个基因中突变率最高的基因。MDS进展到MDS-LGLL的过程中,H3K4单甲基化相关基因富集增加,但ZAP-70易位相关基因富集减少。CCL3L1c.272T>C位点和RGPD5c.3131C>G位点突变均为有害突变,在10例MDS-LGLL患者的突变率为50%、70%。
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