水库在当今的社会经济生活中，发挥了巨大的作用，取得了巨大的社会效益和经济效益。然而，我国在水库的环境保护工作中，无论是理论研究还是实践方面，尚做的比较欠缺。因此，加强对水库水资源的保护研究是具有很大的理论和现实意义的。本论文以深圳水库为例，从三个不同的角度进行了研究。 深圳水库负责深港地区的供水，其中向香港地区的供水占香港总用水量的70％左右，战略地位极其重要。同时，深圳水库具有明显的过水调节特征。然而这样的一个水库也面临水华的危险。本论文利用压力—状态—响应模型对深圳水库的富营养化进行研究，通过分析水体富营养化的压力因子和状态因子，发现两者之间的响应关系，从而有助于对水体富营养化的驱动力和形成机理的探讨； 鉴于深圳水库目前的水质已呈现富营养化特征，并极有可能爆发水华，同时，水环境保护工程不成体系，因此，加强对深圳水库的水环境保护研究，确保深港地区的供水安全，是非常有必要的。本论文突破以往的水资源保护策略，以系统工程学的理论和方法为指导，根据结构与功能之间的关系，提出了深圳水库的水资源保护策略，即先进行水库空间结构的优化，再进行水库功能的生态化建设； 然而，要达到深圳水库水质的长治久安，最终要实施水库周边区域内社会经济的异地发展。由此，深圳水库的水资源保护与周边居民的社会经济生活之间就存在着尖锐的矛盾，环保工作成为一项艰难的博弈。据此，本论文提出以生补偿的理论来实现水库周边区域的社会经济与环境的可持续发展，最终达到保证深港地区的供水安全的目的。