新三板市场是我国多层次资本市场的重要组成部分,自2013年全国扩容试行后,就大范围的掀起了新三板上市的热潮。新三板是面向符合条件的中小型企业而开放的,中小科技型、创新型的企业是主要的新三板市场主体。由于各种原因,中小型企业的公司治理状况呈现良莠不齐的局面,但是在新三板上市后则表现出明显的变化,新三板上市对中小型企业的公司治理状况起到了较大的改进作用。本文分析了挂牌公司在新三板上市的条件和现状,总结挂牌公司的公司治理特点,选取了2012—2013年北京地区在新三板上市的不同行业中的十家企业作为研究样本,对它们的内外部公司治理变量指标进行对比分析,包括股权结构、股东类型、董事会、监事会、接管以及股东诉讼等变量指标。通过对发展现状的审视和样本的实证分析,发现了现阶段新三板上市企业的公司治理现状存在以下若干问题:实际控制人一股独大、“人治”色彩明显;董事类型较为单一,以内部董事为主;职工监事的设置趋于形式化;主办券商持续督导工作的实践效果不佳。笔者针对这些问题,并结合我国另外两个板块上市公司的公司治理特点,对中小型企业在新三板上市的公司治理问题提出改进和建议如下:第一,设计实际控制人的持股比例;第二,合理引入外部董事;第三,完善职工监事行使权利的保障措施;第四,落实主办券商的持续督导工作机制。通过这些问题的发现和建议的提出,以期能使中小型企业的公司治理得到更好的规范,更好的促进企业的规范管理和健康发展,增强企业的发展后劲,也能对新三板市场的完善和体系化、为证券市场的扩容试行起到一定的作用。