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浮游纤毛虫是一类体表被有纤毛、营浮游生活的单细胞真核生物。该类群生物种类繁多,在自然界中广泛分布。浮游纤毛虫为pico-和nano-级浮游植物的重要摄食者,其本身又为meso-级浮游动物及鱼类幼虫的重要食物,是海洋生态系统中物质和能量由微食物环向经典食物链传递的重要枢纽,具有重要的生态学研究意义。以往对纤毛虫的研究主要利用形态学方法或经典分子生物学研究手段,此类方法对低丰度类群可能造成低估。新近兴起的高通量测序方法方便、快捷、成本低,并可检测群落中的低丰度种类,成为分子生态学研究的有力手段。基于rR