本研究对药用植物广藿香Pogostemon cablin(Blanco)Benth.、穿心莲Andrographispaniculata(Burm.F.)Nees.内生真菌的组成变化进行了系统的调查分析，在此基础上以植物病原真菌、动物致病细菌为测试靶标，对所分离的内生真菌进行了抗菌活性测定，主要结果如下：　　 2008年至2010年于不同季节对广州中医药大学药圃广藿香和穿心莲健康植株进行了采集和内生真菌分离、鉴定。自1008个广藿香不同部位的组织块中分离获得内生真菌816株，依据人工培养状态下的形态特征并结合分子生物学数据对已产孢的541个菌株进行了鉴定，共有16属，分属于接合菌亚门、子囊菌亚门和半知菌亚门的8个目、10个科。自1008个穿心莲不同部位的组织块中分离获得内生真菌1082株，依据人工培养状态下的形态特征并结合分子生物学数据对已产孢的863个菌株进行了鉴定，共有16属，分属于接合菌亚门、子囊菌亚门和半知菌亚门的8个目、9个科。　　 对广藿香和穿心莲内生真菌分离率进行了差异显著性分析，结果表明：广藿香和穿心莲不同组织部位内生真菌的分离率均呈现出明显的规律性，叶部、茎部内生真菌的分离率高于根部，并且这种分布规律不受采样季节和采样地点的影响。不同季节内生真菌的分离率差异显著，但分布规律不明显。　　 对不同季节、不同组织部位内生真菌的丰富度和多样性进行了比较，结果表明：广藿香和穿心莲四个不同季节、三个不同组织部位分离到的内生真菌种类和多样性指数不同，存在一定差异。广藿香药圃-Ⅰ秋季丰富度和多样性高于其他季节，叶部高于其他组织部位；广藿香药圃-Ⅱ冬季丰富度和多样性高于其他季节，叶部高于其他组织部位。穿心莲药圃-Ⅰ冬季的丰富度和多样性高于其他季节，根部高于其他组织部位；穿心莲药圃-Ⅱ冬季的丰富度和多样性高于其他季节，茎部高于其他组织部位。　　 研究结果还表明，不同季节、不同组织部位、不同采集地广藿香和穿心莲内生真菌的类群间相似性系数较高，优势类群主要是炭疽菌Colletotrichum和拟茎点霉Phomopsis。　　 分离率与多样性组成比较结果表明，不同季节、不同组织部位、不同采集地内生真菌分离率与获得的类群数或多样性指数不存在相关性。　　 采用平板对峙法和菌饼法以尖孢镰孢菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense、胶孢炭疽菌Colletotrichum gloeosporioides Penz.、大肠杆菌Escherichia coli、藤黄球菌Micrococccus aureus、金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus为指示菌，对广藿香和穿心莲内生真菌的抗菌能力进行了初步筛选，从广藿香上得到对两种植物病原真菌均有作用的菌株101个，对三种动物致病菌均有作用的菌株6株。穿心莲上得到对两种植物病原真菌均有作用的菌株73株，对三种动物致病菌均有作用的菌株3株。其中18株内生真菌表现出广谱、高效的抗菌效果，对4种以上的指示菌均有较强的作用，具有良好的开发利用前景。