本文采用粗粒化动力学与耗散动力学相结合的杂化分子动力学方法模拟DNA链在微-纳米通道内的电泳过程,并分析微-纳米通道对不同长度的DNA链的俘获作用。结果表明该微-纳米通道能有效地分离不同长度的DNA链。通过分析DNA分子在通道各区域出现的几率密度发现不同长度的DNA链在微-纳米通道内的运动情况有明显差异。通道对不同长度的DNA链的俘获效果不同。通道对短链DNA的俘获作用明显,DNA链会在纳米通道入口附近滞留较长时间;而长链DNA分子在纳米通道入口附近的几率密度并未有显著提高,反而在纳米通道出口附近有较高的几率密度。进一步,我们研究了微-纳米通道的几何结构对DNA链迁移率的影响。发现长链DNA的迁移率对纳米通道长度的改变较为敏感。纳米通道深度的改变也会影响DNA链的迁移率。当纳米通道深度较大时,DNA链在微-纳米通道内可能会出现两种不同的迁移状态。微米通道的侧壁倾斜程度也会影响到DNA的迁移率,微-纳米通道对DNA链的俘获作用随着侧壁倾角的增大而减弱。最后,利用DNA链迁移率受微米通道侧壁倾角影响这一性质,我们设计了一种锯齿状非对称微-纳米通道。发现不同链长的DNA在该通道正/反方向的迁移率有明显差异。并且,我们发现使用具有特定时间非对称性的交变脉冲电场可实现对特定链长DNA的筛选。