目的：　　本研究将利用基因芯片技术对新疆6对汉族食管鳞癌的癌组织及其癌旁正常组织进行分析，检测新疆汉族食管鳞癌的差异表达基因，并对其进行生物学分析。　　方法：　　1.取新疆石河子大学医学院第一附属医院兵团内镜中心2014年11月至2015年9月经内镜及病理诊断确诊的汉族食管鳞癌确诊患者癌组织及癌旁正常组织各6例。对所取组织进行总RNA的提取和纯化，并经过反复扩增并RT-PCR得到cDNA，用Cy3进行荧光标记，然后在含有34235个mRNAs检测探针的基因芯片上进行杂交。　　2.扫描基因芯片荧光信号图像，并使用软件对荧光信号图片结果进行分析，检测新疆汉族食管鳞癌的差异表达基因。　　结果：　　此次研究共筛选出汉族食管鳞癌差异表达的mRNAs337个,其中有140个表达上调的mRNAs和197个表达下调的mRNAs。对这些基因进行pathway、GO和disease富集分析。pathway富集分析显示这些差异表达的mRNAs共参与六个信号通路数据库49个信号通路，包括硬脂酸的生物合成、Sema4D介导的细胞粘附和迁移的抑制作用等。GO富集分析显示这些差异表达基因在细胞成分、生物学过程和分子功能方面共有403个富集条目，主要集中在生物学过程方面，包括上皮细胞的分化、细胞迁移等，此外，在细胞成分和分子功能当面主要有细胞外间隙、细胞因子的活性等。Disease富集分析显示差异表达的mRNAs共有32个富集条目。将所有disease富集条目按照P值排序，排在前30的有痤疮、呼吸系统疾病、骨质密度等。　　结论：　　1.食管鳞癌癌组织与癌旁正常组织中存在大量差异表达基因。　　2.差异表达的基因参与不同的信号通路与生物学过程，这对寻找有价值的与食管鳞癌诊断、治疗及判断预后相关的生物标志物有重要意义。