杨仁山是中国近现史上振兴佛教的第一人，近现代佛教发展史上的关键人物，开创了佛教发展的新局面。他的思想是理解中国近现代佛教的发展的重要线索。他以佛教居士的身份，力图挽救佛教衰微局面，积极探索在欧美基督教在华迅速发展、日本佛教加紧对华渗透状况下佛教的发展模式。　　杨仁山始终以理性和超理性的态度,阐述佛教义理和不可思议的现象。从佛学义理上说，他首次将中国佛教分成十宗，以律宗为始，以净土宗为终，主张诸宗圆融，即以戒律持身，净土为归，余宗释理。他的佛教思想以如来藏为核心，兼涉唯识和中观，彰显性相圆融之旨。这与晚清隔河饮水的作风截然不同。他的判教思想亦独树一帜。他以《大乘起信论》为本，以《大宗地玄文本论》为依据，提出五位判教，发前人所未发。他还以三教同源为前提，对孔子和颜回大力赞赏，而对孟子及宋儒则有所批评。他对道教赞不绝口。在大乘佛教精神鼓舞下，杨仁山第一次提出了佛教兴国论。在学术研究上，杨仁山开创了佛教史的新写法，以理性和超理性的态度客观陈述了佛教在印度和中国的发展。他主张在考察佛教史事件时，考证学不应悖离思想。在佛学研究方面，杨仁山融会了近代欧洲的比较宗教研究法，为佛教研究开创了新范式。他是近现代佛学研究的开创者。在佛教活动和实践方面，杨仁山也投入了相当大的精力。他在海内外广泛搜罗佛典，付梓流通;首倡佛教组织改革，创办居士佛教组织;积极筹备海外传法，弘扬佛教;虔诚地锻炼心性，以净土安身立命。总之，杨仁山佛教思想的本质是生命教育哲学。同时杨仁山也是近现代佛教改革的首倡者，在与中外宗教文化交流方面，他开创了近现代佛教与国外宗教的交流对话模式。杨仁山的佛教思想启发了人间佛教的产生，是人间佛教的先声。