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目的:对生长于珠海和海南的3种药用红树植物秋茄、老鼠簕和桐花树的核糖体DNA（ribosomal DNA,rDNA）内转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）进行序列测定和对比分析,探讨不同来源药用红树植物在ITS序列上的遗传特征,从而从分子水平上建立药用红树植物种质资源鉴定的技术指标。方法:（1）应用改良的十六烷基三甲基溴化铵（hexadecyl trimthyl ammonium bromide,CTAB）法分别提取采自珠海和海南的秋茄、老鼠筋和桐花树的基因组DNA。（2）以真核生物rDNA ITS区通用引物,分别对秋茄、老鼠筋和桐花树基因组DNA中的ITS区进行套式聚合酶链式反应（nestedpolymerase chain reaction,nPCR）。（3）扩增产物经PCR产物回收试剂盒回收纯化后进行碱基序列测定。（4）用Clustal X软件对测序结果进行对位排列,找出不同来源的3种药用红树植物在ITS序列上的差异。（5）将所得到的3种药用红树植物秋茄、老鼠簕和桐花树的rDNA ITS碱基序列申请登录于GenBank核苷酸数据库。结果:（1）以改良的CTAB法所提取的秋茄、老鼠筋和桐花树基因组DNA分子量均约为23kb,电泳条带无拖尾,紫外检测OD260/280比值位于1.62～1.85之间,符合PCR模板的要求。（2）获得的nPCR扩增产物的电泳条带显示,秋茄、老鼠筋和桐花树ITS1和ITS2碱基序列长度均在200～400bp之间。（3）扩增产物纯化后的电泳结果显示回收条带清晰无拖尾,说明回收效果好。（4）将所得到的rDNA ITS1和ITS2碱基序列进行拼接,得到珠海秋茄、老鼠簕和桐花树rDNA ITS序列长度分别为598bp、647bp和653bp;海南秋茄、老鼠簕和桐花树rDNA ITS序列长度分别为600bp、636bp和653bp。（5）测序所得碱基序列对比分析的结果显示不同来源的秋茄rDNA ITS序列间有32个变异位点,20个插入或缺失位点;老鼠簕rDNAITS序列间有51个变异位点,15个插入或缺失位点;桐花树rDNAITS序列间有13个变异位点,6个插入或缺失位点。（6）登录于GenBank核苷酸数据库的秋茄rDNAITS序列号分别为FJ976670（珠海）、GQ141551（海南）,老鼠筋的rDNAITS序列号分别为FJ976671（珠海）、GQ141552（海南）,桐花树rDNA ITS序列号分别为FJ976668（珠海）、FJ976669（海南）。结论:首次获得珠海和海南药用红树植物秋茄、老鼠簕和桐花树的rDNA ITS序列;不同来源的药用红树植物的rDNA ITS序列上存在有碱基差异,为从分子水平对药用红树植物秋茄、老鼠簕和桐花树的种质资源进行鉴定提供了依据;rDNA ITS序列测序结果可作为鉴定药用红树植物种质资源的分子标记之一。