内生菌是其生活史中的某一段时期或全部时期无症状地生活在植物组织内的真菌或细菌。从目前已经研究过的植物来看，内生真菌在植物中普遍存在，二者在协调进化过程中形成了互惠共生关系。内生真菌在生态环境中扮演的众多角色，尚待发掘的丰富资源和具有药用价值生理活性代谢物，构成内生真菌研究的巨大动力。 本论文采用分子生物学技术，以核糖体转录间隔区（ITS区）序列为分子指标，对白木香（Aquilaria sinensis（Lour.）Gilg）叶组织里的内生真菌生物多样性进行研究。为了解白木香内生真菌群落结构，提取白木香叶组织的总DNA，利用真菌特异性引物选择性扩增内生真菌的ITS区，构建了白木香叶组织内生真菌ITS区序列的克隆文库。每个文库分别随机筛选190个克隆子，对阳性克隆子的插入片段进行限制性内切酶酶切片段长度多态性分析（restriction fragment length polymorphism，RFLP），对每一种RFLP型的代表克隆子进行序列测定和系统发育多样性分析。结果表明：两个文库均由真菌ITS区组成。其中，真菌序列类型共30种，结香白木香叶文库包括其中27种类型，未结香白木香叶文库包括其中6种。部分真菌被归入以下各属：球腔菌属（Mycosphaerella）、痂囊腔属（Elsinoe）、外瓶霉属（Exophiala）、附球菌属（Epicoccum）、散囊菌属（Eurotium）、芽枝霉属（Cladosporium）、小丛壳属（Glomerella）、链格孢属（Alternaria）。其中，球腔菌属（Mycosphaerella）、外瓶霉属（Exophiala）真菌为白木香内生真菌群落的优势类群。最后，本文对气候类型对内生真菌构成的影响作了讨论。