膨大弯颈霉基因组进化及交配型基因的初步研究

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膨大弯颈霉(Tolypocladium inflatum)隶属子囊菌门(Ascomycota)、粪壳菌纲(Sordariomycetes)、肉座菌目(Hypocreales)、线虫草科(Ophiocordycipitaceae)、弯颈霉属(Tolypocladium)。膨大弯颈霉是甲虫幼虫的病原菌,也是免疫抑制药物环孢菌素(Cyclosporins)的生产菌[1]。以往对膨大弯颈霉的研究工作主要集中在优化环孢菌素的生产工艺上,而分子生物学方面的研究相对较少,GenBank中收录的膨大弯颈霉基因组数据十分有限。我们首次完成膨大弯颈霉线粒体基因组的组装和注释工作。到目前为止,它的线粒体基因组是线虫草科中最小的,全长仅25 kb。整个基因组排列紧凑,包含了所有标准的线粒体编码基因,还含有一个内含子。转录分析验证了多数保守基因的表达。序列分析还发现线粒体基因向细胞核转移的证据。通常认为,动物的mtDNA比nrDNA进化快,真菌中是否也如此还不确定。本课题组装了5株膨大弯颈霉菌株的线粒体基因组,并且比较分析了线粒体基因组和核基因组核苷酸的变异情况。结果表明,5株菌线粒体基因组比对仅发现30个单核苷酸多态性位点,基因区和基因间区各15个,SNP变异频率是0.12%。核基因组比对共产生304,901个单核苷酸多态性位点,其中约80%位于基因间隔区,约9%位于编码基因中,SNP变异频率是0.97%。从这一结果来看,核基因组的进化速率快于线粒体基因组。系统发育结果显示,基于线粒体基因组序列与核基因组序列所反映的菌株间的发育关系基本是一致的。膨大弯颈霉在实验室条件于难以产生有性子实体,这是由于我们对该菌有性生殖方式的认识还不够。本实验筛选并分离了来源于同一有性子实体的22株单子囊孢子菌株,再加上5株非单孢菌株,设计交配型基因的特异性引物,对它们的交配型基因进行检测与分析。明确膨大弯颈霉是同宗配合还是异宗配合真菌,进而有助于实现有性子实体的人工培养。
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