北京某医院鲍曼不动杆菌临床分离株耐药性及分子流行病学的研究

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目的:鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii)是一种革兰阴性非发酵菌,广泛存在于医院环境中,如医护人员手部、呼吸机设备、患者用具、透析机、消毒液,甚至水龙头等,是最常见的条件致病菌之一;该菌可以导致多种医院感染,如伤口感染、肺炎、败血症和脑膜炎等。近几年随着抗菌药物的广泛应用,鲍曼不动杆菌耐药株逐年增加,并从对单一抗菌药耐药向多重耐药、由低耐药向高耐药发展。尤其是多重耐药鲍曼不动杆菌的出现,为抗感染疾病的有效治疗提出了严峻的挑战,因此对鲍曼不动杆菌耐药机制及流行病学研究已成为国内外的热点。本次研究采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST),多重PCR(multiplexpolymerase chain reaction,M-PCR)对菌株的部分耐药机制、群体遗传学结构及菌株变异情况进行研究,期待为鲍曼不动杆菌的流行病调查提供新的数据。方法:2002到2009年期间收集北京某三甲医院不同科室,不同时期患者的不同标本分离得到的多重耐药鲍曼不动杆菌341株。首先,对所有菌株采用苯酚-氯仿提取方法提取基因组DNA;然后,应用多重PCR方法鉴定导致鲍曼不动杆菌碳青霉烯类耐药的主要相关基因,OXA23型、OXA58型、OXA69型、OXA143型、OXA51型和OXA24型;最后,采用MLST对341株分离株的7个等位基因进行分析,获得各个分离株的等位基因谱(allelic profile)和序列型(sequence type,ST)。随后以ST型和等位基因谱为基础,利用Bionumerics6.6、START2.0、RDP3.0、MEGA和eBURST等软件对鲍曼不动杆菌的群体遗传学结构进行深入分析。结果:341株测试菌株中,blaOXA-51-like基因携带率为97.95%,与初始鉴定不符率是2.05%。多重PCR发现了18种耐药基因组合,其中以blaOXA-51-like+blaOXA-23-like+blaOXA69+blaISF-R+blaISF-OXA23R组合为主(n=262,76.83%),且blaOXA-23-like、blaISAba1的检出率分别是89.44%,99.41%。但是本次实验未发现blaOXA-24-like、blaOXA-58-like、blaOXA-143-like阳性菌株。多重耐药鲍曼不动杆菌全基因组具有非常丰富的插入序列ISAba1,位于blaOXA-23-like、blaOXA-51-like等耐药基因的上游。文献报道插入片段位于blaOXA-23-like或blaOXA-51-like前端,但在本次研究中发现了blaISAba1F-OXA23及blaISAba1F-OXA51同时存在的情况。341株菌中MLST的成功扩增并测序率是97.95%,利用Bionumerics6.6对这334株菌株序列进行分析,确定了4个ST,其中2个为新ST型。多重耐药鲍曼不动杆菌主要流行克隆株的等位基因谱为ST2(2-2-2-2-2-2-2),与世界上很多国家流行的携带blaOXA-23-like菌株的ST一致。本次研究中ST及其分布如下:ST-2(97.9%)、ST-113(0.9%)、 ST-185(0.9%)和ST-187(0.3%)。首次发现了等位基因rpoB-42,rpoB-43和新序列型ST-185,ST-187。利用eBURST软件分析得到ST2、ST185、ST187属于克隆群1(Clonal Complex1,CC1),而ST113属于克隆群8;通过START2.0得到ISA的值为0.1436(P<0.0001),提示连锁不平衡并存在重组事件;RDP3.0分析得出pyrG、cpn60、fusA、gltA、rplB、recA均有重组发生,共计10个重组事件。结论:341株多重耐药鲍曼不动杆菌blaOXA-51-like基因携带率达到97.95%,以blaOXA-51-like+blaOXA-23-like+blaOXA69+blaISF-R+blaISF-OXA23R组合为主(n=262,76.83%)。本次研究所调查医院的多重耐药鲍曼不动杆菌以ST2为主,该菌的种群内存在频繁的重组,但是等位基因型依旧保持连锁不平衡的特征,属于典型的Epidemic种群结构。
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