DNA作为绝大多数生物体的遗传物质基础，在生物遗传中起着决定性作用，因而快速、低成本、高通量、准确地识别DNA分子中碱基对的排列顺序对生物遗传的研究具有重大意义。基于纳米孔的DNA测序技术已经成为当今重要的科学研究课题，该种测序技术将可能为实现低成本DNA测序铺平道路。基于UDA-1型数据采集器的碳纳米孔DNA测序系统软件GeneSequencingVision1.0是测序系统软件的第一版，然而该软件功能简单，只能统计已知单种碱基的数目，且最终数据结果以文本格式保存，这样会占用计算机大量内存，加之软件长时间运行或采集大量数据时会出现死机现象，并不利于DNA测序的研究。本文研制的新版测序软件在弥补第一版软件中不足的同时以求最大限度地满足碳纳米孔DNA测序系统的新需求。本文首先介绍纳米孔DNA测序技术的工作机理，在此机理的基础上，简单描述了碳纳米孔DNA测序实验系统的总体平台架构。分别介绍构成整个实验平台系统的每个模块，包括极微电流放大器、数据采集器以及测序系统软件等控制模块在系统中的主要功能。紧接着对碳纳米孔DNA测序系统进行设计目标分析，采用可复用面向对象软件开发的思想设计了软件系统的内核以及在人机界面等的设计中使用可复用性组件。在软件详细设计与实现上，采用了模块化程序设计的方法，介绍了其中几个关键模块的设计，包括碱基校准、碱基计数、数据采集等模块。同时，就基于MFC框架设计的人机界面从功能实现的角度来论述，包括控制面板、波形显示、文本显示等。最后对全文进行总结，并对课题的研究工作作出展望。