由于环境要素本身具有整体性和流动性两大特点,环境问题极易产生跨区域的影响。随着我国区域一体化的加深,各地方政府就跨区域环境保护事务的合作展开了积极的探索,契约化的合作方式也逐渐为实践所采纳,如与环境保护相关的区域合作框架协议、横向流域生态保护补偿协议等。但由于相关理论研究和法律制度的匮乏,政府间环境保护契约存在脱离法治轨道的嫌疑。政府间环境保护契约是指两个及以上无隶属关系的地方政府或环保职能部门间,为了实现环境保护的目的,在平等、自愿的基础上进行协商,对各自所享有的权利和应承担的义务达成的合意。政府间环境保护契约的缔约主体均为行政主体,所形成的是行政法上的权利义务关系。因此,政府间环境保护契约具有行政契约的法律属性,该法律属性是构建政府间环境保护契约制度的基石。尽管政府间环境保护契约已被应用于实践当中并取得了一定的成效,但政府间环境保护契约仍存在缺陷,包括:主体资格不明确、央地关系未理顺、公众参与不畅通、违约责任未落实以及纠纷解决途径单一。为构建我国政府间环境保护契约制度,首先,应当构建政府间环境保护契约主体制度。通过制定《行政契约法》并在其中明确具有环境保护职能并对环境保护事项享有自由裁量权的行政主体才具备缔结政府间环境保护契约的资格。其次,应当构建政府间环境保护契约的批准和备案制度。影响到中央与地方政治平衡的契约须经国务院审批,涉及重要行政事项的契约须报上级政府审批,否则只须报上级政府备案即可。再次,应当构建公众参与制度,保障公众参与政府间环境保护契约缔结和履行的全过程。与此同时,应当构建违约责任制度,强制不履行或不当履行政府间环境保护契约义务的违约方承担法律上的不利后果。最后,构建我国政府间环境保护契约纠纷解决制度,包括行政调解制度、行政仲裁制度和行政诉讼制度。