对于政府治理来讲,随着政府职能划分的模糊化愈发严重,以及公共问题的复杂化,政府以及相应部门间如何界定彼此职能、如何协作协同等是近几年来经常被提及的焦点。在风险多发的社会之中,某个突发性公共事件的迅速蔓延往往会波及到不同管理权限的部门,以及不同区域的政府,政府作为公共资源的掌控者,公共权力的行使者,以及公用政策的制定者,是毋庸置疑的应对突发性公共事件的主体,为了有效消除突发性公共事件所带来的损害,政府部门问的协作应对成为一种必然选择。这种协作行为不仅包含纵向上的政府部门间协作协同,同时包括横向上的不同政府部门间的协作协同。部门间协作行为是政府存在合法性的有效选择,也是部门间信任关系和资源相互依赖关系推动的结果,同时,有效的部门间协作行为需要制度性的保障。现实发展的问题归根结底是现象背后的制度在推动,那么在现有制度环境下,应对突发性公共事件过程中政府在复杂的多组织环境中为何、以及如何进行协作,现有的协作现状如何、存在什么样的问题等,即成为研究中必须考虑的现实问题。本文以突发性公共事件应对为切入点,通过对相关文献、理论基础的归纳总结,运用文献研究、案例研究、访谈研究等定性研究方法,设计了本文研究的整体性分析思路和框架。梳理了我国政府部门间协作应对突发性公共事件制度构建的演进过程和特点；对目前所处的制度环境展开详细分析,并通过案例阐述目前制度环境下政府部门间协作应对突发性公共事件的经验特征；在总结制度演进和现状特征等方面的基础上,按照本文所设计的分析框架,以行动舞台、行动主体、协作机制、协作要素为剖析点,解构我国政府部门间协作应对突发性公共事件的机理性的制度困境；最后结合我国的实际发展情况,以及现在所面临的困境,通过理论的再思考提出政府部门间协作应对突发性公共事件的制度优化方略。首先,通过政府部门间协作的方式来治理突发性公共事件是在现实需求的背景下,随着时间演进慢慢推进的过程。本文通过线性历史发展的思路,分析观察我国应对突发性公共事件过程中政府部门的协作制度构建的演进过程。提出危机应对的现实需求、资源互补的客观需求、秩序恢复的治理需求以及信任重塑的目标需求等四个方面是促使政府部门间协作应对突发性公共事件的内生需求；从理论上,对传统公共行政理论的反思、新公共管理实践的反省以及新公共服务理论的细化是政府部门间协作理论解释的流变；从实践上,我国的政府部门间协作应对突发性公共事件共分为无序期(1949-1978年)、探索期(1978—2003年)和发展期(2003年之后)三个阶段。其次,目前我国政府部门间协作应对突发性公共事件的制度环境是在“一案三制”为整体框架的指导下开展。在单一制集权化的行政管理体制下,地方各级政府也根据中央要求建立了与中央相配套的地方应急管理体系。本文阐述了我国“一案三制”应急管理体系的制度发展和体系内容,同时,以上海市为模板阐述地方层面的应急管理体系的制度环境。本文并以2008年的汶川地震和2009年上海市应对H1N1流感为案例,分别归纳总结在目前制度环境下,政府部门在应对突发性公共事件的过程中协作行为的经验特征。再次,关于政府部门间协作应对突发性公共事件所面临的制度困境,主要通过以行动舞台、行动主体、协作机制、协作要素为切入点的分析框架解构政府部门间协作行为,从整体到个体,从宏观到微观,解构政府部门间协作应对突发性公共事件的机理性困境。最后,政府部门间协作应对突发性公共事件的制度优化,主要包括两个观点：第一,从理念上,通过对突发性公共事件生命周期以及突发性公共事件应急管理流程的思考,强调政府部门间的协作行为要以制度化的方式嵌入到应对突发性公共事件的全流程。第二,从策略上,提出从战略意识、外部机制、协作架构、技术平台、多元主体五个方面的制度优化策略。通过对两个观点的有机融合,以及结合我国发展实际,提出政府部门间协作应对突发性公共事件的优化策略与框架。本文通过关于突发性公共事件与政府部门间协作逻辑架构的总结,提出突发性公共事件和政府部门间协作是在社会内在需求下推动的制度演进,是由于我国体制环境的原所造成的制度困境,是通过在应急管理流程的视野下开展的制度优化。