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产仔数是猪最重要的生产性状之一,直接关系到养猪产业的经济效益。然而产仔数遗传力低,传统选育方法提高猪产仔数的进展缓慢,因此鉴别和利用新的基因标记来提高猪的产仔性能十分重要。二花脸猪是我国本土的高产品种,其高产机制未知。本实验室前期研究发现二花脸猪品种内产仔数变异大,通过全基因组关联分析(GWAS)与遗传分化系数(Fst)分析在12号染色体和13号染色体鉴别到显著影响二花脸猪产仔数变异的数量性状位点(QTL),但因果基因位点未知。本研究以二花脸猪为主要研究对象,通过候选基因法来鉴别影响二花脸猪产仔数变异的关键基因位点。首先根据国内外已有研究结果选择了ESR、FSHβ2个候选主效基因位点进行验证分析,同时根据本实验室前期QTL定位结果,在QTL区域内选择了RBP1、CLTC和RPS6KB1等三个与产仔数相关的功能候选基因,搜寻其在二花脸群体中的多态位点,分析多态位点与二花脸母猪产仔数的关联性。同时为验证本研究鉴别的影响二花脸猪产仔数的候选基因多态位点结果,本实验也使用了苏淮猪、沙乌头猪、梅山猪和大白猪群体进行分型及与产仔数的关联性分析。在二花脸群体中对ESR和FSHβ基因的验证分析结果显示,2个基因各基因型与二花脸猪的总产仔数和产活仔数不相关,合并基因型与总产仔数及产活仔数也不相关,本试验未能证明ESR和FSHβ基因是影响二花脸猪产仔数的主效基因;用苏淮猪群体进一步验证,发现苏淮猪的总产仔数和产活仔数与ESR基因和FSHβ基因的各基因型不相关,与2个基因的合并基因型不相关,本试验同样未能证明ESR和FSHβ基因是影响苏淮猪产仔数的主效基因。在RBP1、CLTC和RPS6KB1基因的研究中,首先对3个基因进行了 SNP位点的筛选和验证。根据实验室前期二花脸母猪极端个体(5头高产,5头低产)重测序结果确定候选基因的全部SNP位点,结合二花脸高低产组卵巢和子宫内膜(高低产组各3头)转录组测序结果分析主效突变位点所在区域,选择可能影响产仔数的功能区域的SNP位点,随后以20个极端个体初步分型验证。结果在CLTC基因未发现有功能的SNP。在RBP1基因上筛选出启动子区位点g.88075242,在RPS6KB1基因上筛选出启动子区位点 g.37384779、g.37385057 和 g.37386712,3’UTR 区位点 g.37431651、g.37433196、g.37433262和g.37433718位点。最后将上述筛选的功能位点进行二花脸大群体分型及其与产仔数关联性分析。关联分析结果显示,RBP1基因的g.88075242位点以及RPS6KB1基因的g.37384779、g.37385057、g.37386712、g.37431651、g.37433262 位点与二花脸猪产仔数无显著关联;RPS6KB1基因的3’UTR区位点g.37433196和g.37433718与二花脸猪总产仔数显著相关(P<0.05),与产活仔数极显著相关(P<0.01),且2个位点高度连锁。随后在梅山猪、沙乌头猪和大白猪群体中验证RPS6KB1基因2个位点与产仔数的关联性。结果发现在梅山猪与沙乌头猪群体中,2个位点完全连锁,2个位点与梅山猪总产仔数和产活仔数显著相关(P<0.05),与沙乌头产仔数存在相关的趋势(P<0.1);在大白猪群体中只有g.37433196位点有多态性,且该位点与大白猪产仔数无显著关联。说明这2个位点对产仔数的影响存在群体异质性。为探究RPS6KB1基因g.37433196和g.37433718位点影响二花脸猪产仔数的机制,我们首先对2个位点的功能进行预测。预测分析发现g.37433196位点位于RPS6KB1基因与ssc-miR-7135-5p或ssc-miR-23b的结合位点,g.37433718位点位于RPS6KB1基因与ssc-miR-10a-3P的结合位点,且不同基因型与miRNA结合紧密程度不同,可能调控基因的表达。随后做了组织表达谱分析,发现RPS6KB1基因在母猪体内各个组织器官中均有表达,且在卵巢中的表达较为活跃。对10日龄、96日龄、182日龄3个日龄母猪卵巢的mRNA表达量进行分析,发现182日龄的表达量显著低于10日龄(P<0.05),极显著低于96日龄表达量(P<0.01);分析结果认为RPS6KB1基因可能参与卵巢发育。对二花脸高、低产组母猪妊妊24天的卵巢和子宫内膜mRNA表达量分析发现,低产组卵巢表达量显著高于高产组(P<0.05);高低产组子宫内膜间表达量无差异。说明RPS6KB1基因对产仔数的影响可能通过卵巢发挥作用,但具体机制有待进一步分析。