近年来,我国大力扶持发展高新科技产业,为此出台了许多税收优惠政策。高新科技产业的蓬勃发展也使得税收优惠政策变得越加复杂化、多元化。高新技术企业很容易因为理解、运用税收政策有误而面临税务风险,尤其是科技型中小企业更容易因为企业自身规模、制度方面的局限受到税务风险的威胁。国家税务总局在2009年出台了《大企业税务风险管理指引（试行）》,该文件适用于大企业的税务风险管理,却不能完全适用中小企业的税务风险管理。因此,研究科技型中小科技企业的税务风险管理,对减少科技型中小企业的风险损失、提高经营管理水平具有十分重要的意义。本文以W科技企业为案例,分析中小型高新科技企业存在的税务风险管理问题,并据此提出税务风险管理对策的建议。首先,运用纳税评估办法,对W企业的6个通用纳税评估指标进行配比分析,找出企业在成本、收入方面可能存在的税务风险;其次,分别从影响企业较大的研发费用、政府补助、税收优惠政策三个方面分析企业存在的税务风险问题;再次,分析了企业税务风险的成因,分别从税务风险意识、税务风险管理机制、研发费用扣除、信息沟通四个方面具体展开分析;最后,针对W企业存在的税务风险问题以及税务风险成因提出了相应的对策。