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繁殖力是肉羊生产中重要经济性状之一,对种公羊进行早期选育有助于提高肉羊群体繁殖力,进而提升经济效益。睾丸作为雄性动物特有的生殖器官,其大小与精子的质量及数量都紧密相关;并且睾丸大小遗传力高,易于测定,被认为是遗传改良公畜繁殖力最有效的指标。然而睾丸的发育是一个精细又复杂的过程,对该过程进行深入解析有助于更加深入地了解睾丸的发育过程,因此本研究利用三代全长转录组和iTRAQ技术对湖羊初生(M0)、3月龄(M3)、12月龄(M12)以及6月龄大睾丸(M6L)和小睾丸(M6S)的全长转录组和蛋白组分析,筛选与湖羊睾丸发育相关的蛋白,并且选择了9个候选基因开展SNPs扫描,筛选与睾丸大小相关的SNPs。本论文得到的研究结果如下:(1)将不同发育阶段,包括M0、M3、M12以及M6L和M6S组睾丸混合进行三代全长转录组测序。共获得一致性序列209832条,去除冗余转录本后有86660条序列,平均长度为2337bp,其中新转录本68297条。使用NR、Swissprot、GO、COG/KOG、Pfam和KEGG数据库进行注释,注释到62218条新转录本。对新转录本进行结构分析,预测到46180个SSR、52923个完整开放阅读框(open reading frame,ORF)序列和9465个lncRNA。这些结果有助于深入研究绵羊睾丸的基因表达情况,并且为睾丸蛋白质组研究提供参考。(2)利用iTRAQ技术对不同发育阶段(M0、M3、M6L和M12)以及6月龄M6L和M6S组的蛋白组进行检测,并结合三代全长转录组数据对差异蛋白进行筛选及注释,在M0 vs M3、M3 vs M6L、M6Lvs M12和M6L vs M6S中分别检测到差异蛋白465(上调274个,下调191个)、1261(上调689个,下调572个)、231(上调94个,下调137个)和1080(上调467个,下调613个)个。在所有差异蛋白中,共筛选到与繁殖和生殖过程有关的蛋白86个,主要参与精子发生过程、精子发育、精子鞭毛运动、精子获能和精子与透明带结合等过程(3)根据iTRAQ结果,选择9个与繁殖有关的候选基因,利用DNA池测序的方法扫描基因所有外显子及侧翼区的SNPs,使用iMLDR方法进行SNP分型。结果共筛选到34个SNPs位点,通过与12个睾丸相关的性状进行关联分析,发现有11个SNPs位点对睾丸重量等睾丸相关指标有显著影响,其中SNP1对左侧睾丸重量、睾丸总重量、附睾总质量、睾丸系数和左侧附睾/睾丸有显著影响;SNP5对左侧附睾重量具有显著影响;SNP10对右侧睾丸重量、睾丸总重量和左侧附睾/睾丸;SNP11对左侧、右侧睾丸重量、睾丸总重量、左侧附睾/睾丸、右侧附睾/睾丸和附睾/睾丸有显著影响;SNP12对左侧睾丸重量、左侧附睾质量和睾丸质量变异系数有显著影响;SNP13对睾丸质量变异系数有显著影响和SNP15对睾丸质量变异系数有显著影响;SNP16和SNP18对左侧附睾/睾丸有显著影响;SNP23对附睾质量变异系数有显著影响;SNP32对左侧附睾/睾丸有显著影响。这些显著的SNP可以作为湖羊早期分子辅助选择的潜在分子标记。