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汉坦病毒(Hantavirus,HV)是重要的人畜共患病病原体之一,属于汉坦病毒科,正汉坦病毒属的单股负链RNA病毒。人感染后,根据临床表现特征的不同可分为肾综合征出血热(Haemorrhagic Fever with Renal Syndrome,HFRS)和汉坦病毒肺综合征(Hantavirus Pulmonary Syndrome,HPS)。HV引起的疾病在世界范围内流行,严重危害人类的身体健康,已经波及世界五大洲70多个国家,成为全球共同关注的公共卫生问题。HFRS在我国流行范围广,疫区类型复杂,是我国最严重的鼠传疾病之一。为了了解中国HV的分子流行病学特征和遗传进化情况,本研究结合国家HFRS监测系统,采集宿主动物标本,开展HV感染状况分子流行病学调查。结果,共收集鼠肺标本284份,通过荧光定量PCR核酸检测阳性的有95份,包括辽宁省24份,18份阳性;云南省70份,19份阳性;河北省20份,18份阳性;黑龙江省24份,12份阳性;江西省8份,6份阳性;安徽省103份,8份阳性;湖南省35份,14份阳性。通过RT-PCR的方法,从阳性鼠肺标本或病毒株中扩增共测得50株HV全基因序列并分型,包括云南省8株(SEOV),辽宁省16株(SEOV),黑龙江省5株(SEOV),河北省10株(SEOV),安徽省3株(HTNV),山东省1株(HTNV),福建省1株(SEOV),陕西省3株(HTNV),湖南省3株(1株SEOV,2株HTNV)。另外还获得了 15株HV的Gc部分片段,包括湖南省12株(HTNV),江西省3株(1株SEOV,2株HTNV)。本研究采用Vero-E6细胞培养的方法从鼠肺标本中共分离到6株HV,包括云南省1 株 SEOV(XY67)、湖南省 2 株 HTNV(2018C024-10 和 2018C024-22)和安徽省 3 株 HTNV(xc028,xc067 和 xc046)。从GenBank等公共数据库中,下载HV参考毒株序列,包含国内外不同种的HV序列,国内包括不同省份的HTNV/SEOV历史毒株序列,共96株,通过软件分析分离株序列与参考序列核苷酸相似性,采用NJ法构建遗传进化树。结果发现,本研究中获得的辽宁省、河北省和黑龙江省HV序列均为SEOV的S3基因型,与各省S3基因型既往分离株和S3基因型参考序列相似性高大于97%。陕西省3株HTNV序列为H4基因型,与历史株84FLi不同。福建省1株SEOV序列为S5基因型,与历史株不同。山东省1株HTNV序列为H5基因型,已知山东省至少存在5个HTNV/SEOV的基因型,种类多样。湖南省1株SEOV序列属于S3基因型,2株HTNV序列与其他各基因型序列相似性小于95%,12株HTNV的Gc部分片段也不在已知基因型分支。安徽省3株HTNV序列属于H9基因型。云南省8株SEOV序列变异大,在进化树中分成了两个分支,显示同一地区可能存在两个基因型病毒同时流行。江西省1株SEOV序列和2株HTNV序列的Gc片段均独自成为一支,变异程度大,基因型种类多前期已有文献报道。对于存储于GenB ank上的大部分HTNV和SEOV的序列分析显示,病毒基因组呈现更加多样化的趋势,聚集而成的独立分支更多,显示出了变异的特征。本研究中还发现了可能的HV的宿主“溢出”现象,在辽宁省黑线姬鼠中检测到SEOV,在湖南、安徽省的小家鼠中检测到HTNV,提示自然选择过程中形成病毒多样性的重要机制。综上所述,本研究初步阐明了中国HV的分子流行病学特征,初步揭示了HTNV和SEOV及其各基因型的地理分布和各地区流行病毒的主要特征,分析了病毒基因组的多样性,获得了中国HFRS重点流行省份的HV基因序列,为开展中国HV在分子水平的研究贡献了宝贵的数据,并且分离到源自3个不同省份的6株病毒流行株,丰富了我国HV的病毒库,对于精准开展HFRS的预防控制措施,评价疫苗免疫效果具有重要意义,也为今后进一步分析研究HV流行特征奠定了坚实的基础。