刺参养殖作为北方环渤海地区的新兴的经济产业,池塘养殖是其主要的养殖模式,而传统的养参模式中其生长环境易受外界影响,池塘底泥和刺参消化道中菌群的变化易引起刺参病害的发生,我们旨在通过研究不同季节刺参肠道及刺参养殖池底泥中菌系多样性及变化为刺参养殖中的病害防治提供参考。通过纯培养在一年中分四次取样,从刺参肠道和刺参养殖池底泥中分离出共151株海洋菌株,其中肠道菌72株,养殖池塘底泥79株,发现新菌种5株,拮抗菌株1株,通过构建系统发育树对刺参肠道及养殖环境底泥多样性进行研究。结果显示：分离的菌株分属Neptuniibacter、Pseudoalteromonas、Dietzia、 Ferrimonas, Salegentibacter等31个属；通过TCBS基础性筛选后发现弧菌属在刺参肠道中有32株,底泥中28株,是刺参肠道和底泥环境中的第一大优势菌属,其数量随着时间变化呈上升趋势。宏基因组学为生境中全部微小生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。利用宏基因组学的方法取一份样品进行处理,使用PowerSoil DNA Isolation kit提取泥样中的DNA,对剩余底泥进行富集,间隔5、7、9天用可培养法分离纯化富集样品中的可培养菌株并提取富集底泥样品DNA。通过高通量测序获得土壤样品中的所有微生物的16S基因片段,利用生物信息学的方法处理构建数据库。四份样品共获得70000余条序列,其中优质序列58000余条；序列长度多分布在480bp至520bp之间；以相似度97%为标准,将序列归为10575个操作分类单元(OTU)；绘制了样品的稀释曲线、丰度分布曲线,进行了Alpha多样性分析,用以评估样品的丰度并比较了样品间各个种群之间的丰度差异；基于群落结构分析,对样品进行了单样品物种分布、多样品物种分布、含进化关系的物种丰度、聚类分析以及Beta多样性分析等几个项目的研究。全面的分析了刺身养殖池底泥中的物种多样性丰度及菌落构成。在对刺身养殖池底泥微生物多样性研究过程中,基于16S rRNA基因序列分析,从底泥样品中分离的菌株C4为冷单胞菌科(Psychromonadaceae)的新属新种,冷单胞菌科具有嗜冷或者耐寒的特性。C4在2216E培养基上为米白色菌落,兼性厌氧,产酸,具有鞭毛,含有运动性。新菌DNA的G+C含量为49.3%,最适生长条件为：温度28-30℃, pH6.5-7.2,盐度2-3%。细胞主要脂肪酸为summed feature3(16:1co7c/16:1ω6c), sum in feature3(16:1ω7c/16:1ω6c),16:0。Q8为主要的呼吸醌。极性脂为磷脂酰乙醇胺(PE)和磷脂酰甘油,未知磷脂1。基于细胞形态,进化关系分析和生理生化特征,我们将C4归类为嗜冷单胞菌科的新属新种,命名为Pelagimicrobium weihaiensis。模式菌为C4。