刺参（Apostichopus japonicus）隶属于棘皮动物门，广泛分布于太平洋西部的中国、俄罗斯、朝鲜、韩国与日本沿海，具有较高的营养和药用价值，是我国重要的养殖种类之一。近年来，由于刺参养殖规模的扩大，个体生长速度缓慢、抗病力能力下降、疾病频发等问题，制约了刺参养殖业的健康发展。因此对刺参遗传多样性、免疫相关基因应答机制进行研究，可为刺参种质改良和疾病预防提供参考依据。本研究利用核糖体内转录间隔区1（ITS1）和线粒体D-loop区序列多态性分析了3个不同地理群体刺参的遗传多样性和遗传结构；同时克隆测序了刺参免疫相关基因同种异体移植炎症因子-1（Allograft inflammatory factor-1, AIF-1）全长cDNA，并分析该基因在刺参不同组织、灿烂弧菌（Vibrio splendidus）及组织创伤刺激后的表达模式。主要研究结果如下：（1）利用核糖体DNA第一内转录间隔区（ITS1）序列，对中国大连（CD）、朝鲜罗津（KN）和俄罗斯海参崴（RV）3个野生群体刺参的遗传多样性进行分析。经PCR扩增、克隆测序，获得长度为517-519bp、524bp两种类型的ITS1核苷酸序列，平均G+C含量（64.5%）显著高于A+T含量。在刺参30个个体61条序列中共检测49个变异位点，多态位点比例为9.33%，其中4个简约信息位点，共有40种基因型，群体共享基因型为2个。遗传多样性分析表明，3个群体遗传多样性丰富；分子方差分析（AMOVA）显示，88.65%的变异来自于群体内部，群体间遗传分化较弱或中度分化。根据群体间遗传距离进行聚类分析，发现KN群体与RV群体亲缘关系较近，CD群体KN、RV群体亲缘关系较远。（2）刺参CD、KN和RV群体遗传多样性的D-loop分析：对3个群体共计71头刺参的线粒体D-loop序列进行PCR扩增和测序，获得长度为447-465bp的D-loop序列，平均A+T含量（59.2%）显著高于G+C含量；共检测到119个变异位点，多态位点比例为24.24%，其中简约信息位点为53个，共有40种基因型，其中7个基因型被3个群体共享。群体遗传多样性参数分析表明3个群体遗传多样性比较丰富；利用Arlequin3.5分子方差（AMOVA）分析结果表明，3个群体间遗传分化较弱或只有中度分化，群体分化时间为19.68-22.1万年前。CD群体与RV群体之间遗传距离最远为0.042，KN群体与RV群体之间遗传距离最近为0.0374。将本研究所得序列结合GenBank中青岛（QD）和威海（WH）仿刺参的D-loop序列构建系统发育树，QD与WH刺参首先聚为一小支，然后与CD群体聚为一大支，KN群体与RV群体聚为独立一支，这一聚类方式符合地理隔离模式。（3）采用RACE技术克隆了刺参AIF-1基因的全长cDNA序列，该序列全长1541bp，含有一个477bp的开放阅读框，编码158个氨基酸，蛋白计算分子量为17.92kDa，等电点为4.91，另外该基因还具有2个EF-手型钙离子结合基序。采用实时荧光定量PCR方法分析该基因在不同组织、细菌刺激及组织创伤后在体腔细胞中的表达情况。结果显示：健康刺参AIF-1基因在呼吸树、管足、体壁、体腔液、肠和纵肌中都有表达，但在呼吸树中的表达量最高；组织创伤或病原菌刺激均能上调AjAIF-1基因表达，且均在刺激4h后表达量达到最大值，之后表达量逐渐回落，48h后均回落至对照组水平。