我国家禽遗传资源非常丰富,其中斗鸡作为表型很特殊的品种,其培育历史、背景和作用都与其他家鸡品种不相同。目前中国主要有5个斗鸡品种,分别是吐鲁番斗鸡(新疆)、西双版纳斗鸡(云南)、鲁西斗鸡(山东)、河南斗鸡(河南)和漳州斗鸡(福建)。本研究分别应用微卫星标记和mtDNA中的cytb基因分子遗传标记,运用DNA直接测序的方法等对我国5个斗鸡品种的微卫星位点多态性和线粒体DNA细胞色素b基因的遗传多态性进行检测,分析各个斗鸡品种的遗传多样性及其之间的遗传距离,并对我国斗鸡的起源进行了探讨。1利用27个微卫星位点对中国斗鸡进行了系统聚类分析,统计了其有效等位基因数、多态信息含量、群体杂合度及品种间的遗传距离。结果表明,河南斗鸡群体杂合度较低,为0.532,说明河南斗鸡基因型趋于一致,群体遗传多样性贫乏;西双版纳斗鸡群体杂合度最高,为0.662,具有丰富的遗传多样性;鲁西斗鸡与西双版纳斗鸡遗传距离最近,为0.206;漳州斗鸡与叶鲁番斗鸡遗传距离最远,为0.516。聚类结果表明,漳州斗鸡与中原斗鸡遗传距离较远,独成一类,而西双版纳斗鸡和吐鲁番斗鸡均为鲁西斗鸡的后裔,三者之间距离较近,聚为一大类,表明,漳州斗鸡有外国斗鸡血统,与中国斗鸡起源存在差异。2利用线粒体DNA细胞色素b基因测定了5个斗鸡品种40个体的线粒体DNA细胞色素b的部分碱基序列(535bp),研究发现共有6种单倍型,单倍型多样度为0.42857-0.78571;核苷酸多样度为0.00081-0.00659,漳州斗鸡的遗传多样性最丰富,而西双版纳斗鸡及吐鲁番斗鸡最贫乏。漳州斗鸡与其他斗鸡的遗传距离均较远,与用微卫星标记分析方法结果一致。40条斗鸡序列与GeneBank上红色原鸡相应序列比较,并构建基于单倍型的系统发生树,结果表明中国斗鸡的母系可能来源于多个红原鸡亚种。