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本研究以我国12个地方鸡品种(白耳鸡、藏鸡、茶花鸡、大骨鸡、河南斗鸡、鹿苑鸡、仙居鸡、固始鸡、泰和乌骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、狼山鸡)为研究对象，利用7个微卫星标记(ADL278、ADL268、MCW103、MCW183、MCW222、MCW248、MCW67)对12个地方鸡品种的等位基因频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量、平均多态信息含量以及群体间遗传距离进行分析，从分子水平上反映12个地方鸡品种的遗传差异和亲缘关系。实验结果表明： 1．通过对PCR反应体系和反应条件的优化，PCR产物的效率和特异性可以得到提高，为地方鸡品种分子水平的研究提供了有效手段。 2．溴化乙锭染色和硝酸银染色都可以清晰显示微卫星多态性。 3．12个地方鸡品种7个微卫星座位中共检测到32个等位基因，等位基因频率介于0.0111～0.9556之间。有14个等位基因为12个品种所共有，每个微卫星座位平均等位基因数为4.6个。12个地方鸡品种中微卫星多态性不平衡，每个微卫星座位的等位基因数2～7个不等。 4．12个地方鸡品种7个微卫星座位的平均基因杂合度在0.3514～0.5929之间。其中鹿苑鸡平均基因杂合度最高，为0.5929；茶花鸡的平均基因杂合度最低，为0.3514。 5．12个地方鸡品种中，仅鹿苑鸡的平均多态信息含量大于0.5，呈现高度多态性；其他11个地方鸡品种的多态信息含量均在0.25～0.5之间。 6．12个地方鸡品种模糊聚类图可以分为三类：泰和乌骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、大骨鸡、萧山鸡、北京油鸡和鹿苑鸡聚为一类；茶花鸡、藏鸡、仙居鸡和白耳鸡聚为一类；固始鸡自成一类。聚类结果显示微卫星标记在分析品种间的亲缘关系方面是一种有效可行的手段。