随着机关事业单位改革的不断深入，事业单位的社会保险问题越来越成为焦点。20世纪80年代中期，我国的养老保险制度改革开始启动，但是，这些改革主要是在企业进行，机关事业的养老保险制度改革相对迟缓。 在我国，事业单位按传统的经费来源有三类：全额拨款、差额拨款和自收自支。“自收自支事业单位”是事业单位中具有特殊性的一类事业单位，是介于企业和事业单位之间的管理模式，使自收自支事业单位成为国家推进事业单位社会保险制度改革的“先遣军”。本文以北京市水务局自收自支事业单位加入社会保险后出现的问题为具体研究对象，研究了该类型事业单位各类社会保险的现状，运用文献研究、个案访谈、问卷调查、以及比较分析等研究方法，提出加入社会保险后，显现出事业单位职能划分不科学，职工实际收入低于其他类型事业单位职工收入，社会保险管理欠规范等问题。 通过分析研究，笔者认为对事业单位以拨款形式来划分，多年实践已经证明：这种定位的不科学，造成事业单位机构增加，重复设置，人员增加，布局不合理又在束缚着自收自支事业单位。加入社会保险后，企业的管理方式让自收自支事业单位处于“两难”的境地。所以，国家、政府在事业单位社会保险制度改革中，不能“一刀切”，而是要依据事业单位职能划分，给与不同的政策，从而提高公共管理的效率。社会保险制度是实现“单位人”到“社会人”转变的一条重要出路。建议：社会保险与事业单位职能改革配套进行，同时建立配套的法规措施。