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本研究利用10个微卫星标记对上海新杨家禽育种中心2002年引进的国外高产W-98白壳蛋鸡配套系祖代鸡的四个品系（A、B、C、D）进行分析，通过计算遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量及Nei氏DA遗传距离，并采用非加权类平均法进行聚类，估计了品系内和品系间的遗传变异，结果如下：1.本研究所选10个微卫星座位，除MCW0154座位表现为单态外，0.25<PIC<0.5的座位有3个占30％，PIC>.5的座位有6个，占60％，在9个多态座位中，HUJ0012座位的多态信息含量最高（0.7367）,LEI0031座位的多态信息含量最低（0.2665）。在9个多态性微卫星座位上共检测出81个等位基因，其中HUJ0012座位最多（17个），LEI0031最少座位（2个）。2.经Hardy-Weinberg平衡检验，W－98白壳蛋鸡配套系祖代鸡的四个品系在10个微卫星座位上均处于平衡状态。3.W－98白壳蛋鸡四个品系的平均座位杂合度在0.4778～0.6634之间，D系最高（0.6634），B系次之（0.5963）,A系最低（0.4778）；通过计算有效等位基因数发现 D系(3.8214)>B系(3.3515)>C系(2.4866)>A系(2.4830),在整个群体中，母系群体具有丰富的遗传多样性，父系的群体一致度较高。4.在LEI0252座位上，A系的等位基因片段大小在270 bp-290 bp之间， B系的等位基因片段大小在251 bp-265 bp之间， C、D系的等位基因片段大小在195 bp-235 bp 之间，在此座位上，可以将A系与B系、A系与C和D系、B系与C系和D系完全分开；270 bp 和290 bp 可作为A系区别于其它3系的特征性条带，251 bp和265 bp可作为B系区别于其它3系的特征性条带。因此LEI0252座位可以作为理想的品系鉴定座位。5.利用聚类分析软件Ver1.2计算Nei氏DA遗传距离并绘制UPGMA聚类图，发现A、C系的遗传距离最大（0.6145）,C、D系的遗传距离最小（0.2850）。UPGMA聚类结果将四个品系分为2类：C、D为第一类，A、B为第二类。