生物多样性(biodiversity)是指一定时空范围内生物物种及其所携带的遗传信息和其与环境形成的生态复合体的多样性和变异性。目前所公认的生物多样性分为三个主要层次，即：遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性。生物多样性是人类赖以生存的条件，也是社会可持续发展的基础，保护生物多样性正越来越受到国际社会的关注。近年来，生物多样性保护已成为我国环境法学研究的热点问题，研究重点集中在相关基础理论以及具体制度，而国内结合行政区划确立的不同环境保护调控范围内的生物多样性保护--区域生物多样性保护，则是一个崭新的研究领域。 本文借鉴2001年联合国“千年生态系统评估”(Millennium EcosystemAssessment，缩写为MA)采用的概念框架，选择“区域”为研究尺度，引入“生态系统方法”，系统梳理了区域生物多样性保护的基础理论，并重点阐述其中的核心法律问题，主要包括：遗传资源及相关传统知识的获取与惠益分享、生态补偿问题的相关理论、区域生物多样性保护立法、区域生物多样性保护中的公众参与机制等。本文还通过对环渤海区域生物多样性保护的案例分析，将上述理论研究运用于具体实践，特别对有关区域生物多样性变化的直接驱动力的立法进行了评析。最后，在理论和实证结合的基础上，提出完善我国区域生物多样性保护法律机制的对策性建议，包括：在区域可持续发展原则、公众参与原则、行政管理与区域环境管理相结合原则、在区域规划中引入生态系统方法等原则的基础上，完善区域生物多样性保护立法，同时建立区域法律和政策的协调机制；运用“利益相关方”理论创新区域生态补偿机制的理论，实行“政府补偿为主，市场补偿为辅”的补偿策略；将生态环境保护中的经济激励机制纳入法律轨道，通过法律保障经济刺激工具的运行；建立区域生态环境信息交换所，促进环境信息公开及公众参与等。本文旨在丰富我国区域生物多样性法律保护的基础理论研究，同时为区域生态环境立法与管理实践提供参考。