工程研究中心是我国政府根据高技术产业发展和经济结构战略性调整的长期需要,为加快促进科研成果向现实生产力转化而建立的新型科研开发实体。它以市场为导向,通过把具有市场价值的重要应用科研成果进行后续的工程化研究和系统集成,着力于开发科研成果转化为适合规模生产需要的共性技术、关键技术,不断进行技术创新、转移、扩散,从而达到增强国家产业自主开发能力和市场竞争能力的目的。但是,工程研究中心目前在建设过程中存在着定位与发展方向不明确、与各方关系不清晰、权益分配不当与内部管理僵化等问题一直困扰着人们,所以迫切需要理清脉络、分清缘由,进行机制设计解决上述问题。本文以管理学、经济学与系统学为理论基础,综合运用文献综述法、对比分析法与实证研究法等方法,本着提出问题、分析问题与解决问题的研究思路,首先通过对比美国、澳大利亚与我国工程研究中心发展情况,总结我国工程研究中心可以借鉴的成功经验;从外部与内部两个方面分析了工程研究中心产生的动因;指出目前工程研究中心在运行中存在着定位不清晰与发展方向不明确,与政府、高校和企业关系不清晰,权益分配不当与内部管理僵化等问题,并深入分析了这些问题产生的根源;构建校企共建工程研究中心的协同机制模型,从宏观制度层、中观组织层与微观项目层解决工程研究中心存在的问题,并结合XX新材料工程研究中心、集成电路系统国家工程研究中心、特种工程塑料教育部工程研究中心与计算机软件国家工程研究中心的具体实例进行了论述,提出了相关对策建议。