《中华人民共和国民法总则》(以下简称“《民法总则》”)首次以民事基本法的形式赋予农村集体经济组织特别法人资格,但规定较为简单,迫切需要加强相关理论和立法的研究。本文旨在对农村集体经济组织法人设立登记制度进行研究,为设立登记的制度建构和实践提供理论依据。本文主要分为五个部分。第一部分是设立登记的现实基础,分别论述了农村集体经济组织取得法人地位的现实意义、设立登记现状和设立登记的主体范围。农村集体经济组织取得法人地位有助于解决其立法缺失、主体虚位的问题并推进农村集体产权制度改革。《民法总则》出台前,地方规范采取变通或创造性的方式赋予农村集体经济组织法人地位,如将其改造为专业合作社法人、公司法人、股份合作企业或者非公司企业法人,甚至创造出新的法人类型,但也暴露了诸多问题;《民法总则》出台后,农业农村部对农村集体经济组织设立登记事项进行了规制,但其内容的合理性仍有待探讨。从现状看,设立登记的主体范围仍应包括乡镇、村、组三级集体经济组织。第二部分是设立登记制度的建构理念。具体而言,其一,应做好农村集体经济组织法人特殊性制度设计;其二,打造符合市场经济发展需求的民商事主体;其三,采许可设立主义。第三部分是设立登记条件。设立登记条件应当包括名称、组织机构、法定代表人、住所、成员、集体资产、章程等方面的内容。具体而言,名称的构成无需包含字号、行业或经营特点等信息,冠以行政区划及改革类型即可。在组织机构方面,权力机构应同时设成员大会和成员代表大会,决策机构和执行机构可设理事会或仅设理事长一名,监督机构可设监事会或执行监事,也可用民主理财监督小组或者村务公开制度代替。在法定代表人方面,应当适当限制村民委员会组成人员的任职资格。住所不应限制在农村集体经济组织所在的乡镇或者村,但有必要限制在所在的区(县)。成员身份关系到集体利益的分配,应当将成员资格认定标准作为设立登记的配套制度之一,成员资格认定应当首先考虑户籍因素和生产、生活关系因素确定基本范围,再利用基本生活保障因素对其中有争议的成员作出判断,才能兼顾公平与效率。在集体资产方面,从保障农民集体基本权益出发,应将完成清产核资、资产量化作为设立登记条件,并提倡采取固定分红与按股分红相结合的分配模式。就章程而言,其必要记载事项应当包括名称、住所、业务范围、资产情况、组织机构及其产生办法、职权、任期、议事规则、法定代表人等。第四部分是设立登记事项及登记机关。设立登记事项应为名称、组织类型、法定代表人、住所、资产情况、业务范围,而组织机构、成员及持股情况、存续期限不应作为设立登记事项进行规定。在设立登记机关的确定上,应当由不同机构之间相互配合,具体而言,由区(县)农业农村局负责审查和监管,乡镇人民政府负责指导和服务,区(县)市场监督管理局负责登记管理。第五部分是设立登记的法律效力和设立登记过程中的法律救济。设立登记的创设效力体现为农村集体经济组织取得法人资格,而设立登记存在瑕疵并不必然导致法人资格的撤销。对于设立登记过程中因成员资格认定和设立大会决议产生的争议,应制定相应的司法救济制度。