农业是我国国民经济的基础产业，对经济社会的发展和稳定有着重要作用。同时，农业又因其自然属性成为弱质产业，需要政府通过财政支出进行扶持。我国的财政农业支出尽管总额在不断增长，但投入结构不合理的情况十分严重，农业事业费增长过快。在此背景下，研究我国财政农业支出的结构效率对完善财政农业支出理论有着重要意义。在本文中，财政农业支出包括支援农村生产支出和农林水气等部门的事业费、农业基本建设支出、农业科技三项费用以及农村救济费四项。研究财政农业支出的结构效率也就是建立评价指标对四项农业支出的投入比例是否合理进行判断。本文首先运用经济增长理论和公共物品最优供给理论证明了财政农业支出结构效率评价指标成立的可行性和必要性，以此作为研究的理论基础。在此基础上，本文以西方经济学的最优生产要素组合理论为出发点，推导出边际投入产出率作为衡量我国财政农业支出结构效率的评价指标。然后运用EVIEWS软件建立农业生产总值与各农业投资项目的多元回归模型，计算各投资项目的边际投入产出率的具体数值，得到各项支出项目边际投入产出率的大小关系为：农业科技三项费用＞农村救济费＞农业基本建设支出＞支农支出。各项财政农业支出的边际投入支出率不相等且差距较大，以此得出我国财政农业支出的结构效率不合理，需要进行调整的结论。在对多元回归模型的参数进行估计时，运用主成分回归法和广义最小二乘法对模型的多重共线性和序列相关性进行了修正，从而使估计的参数更加合理。此外，本文从财政、行政、法律等制度层面对造成我国财政农业支出结构不合理的现状进行了原因分析，并以此得出了相应的政策建议。