水对经济社会发展具有战略性地位，尤其我国当前正处于转型时期，随着市场经济的日趋完善，而显得尤为突出。市场失灵和政府失灵，产权不清、公共物品属性等因素，导致目前国内水价过低、水资源浪费、水污染严重等问题，引发“水危机”，使水资源成为经济发展的瓶颈。本文用制度分析方法，借鉴经济人假说、公共选择理论，对水资源管理进行具体分析和探讨。从水资源管理现状着手，说明我国水资源可持续发展关键是制度，我国长期以来水资源管理的部门分割，造成权力分散、机构权责不清，直接影响水资源的合理配置、高效利用、有效保护。针对水多、水少、水脏与水环境恶化的三大水资源问题，在总结国外先进的水资源管理基础上，对我国水资源管理的制度缺陷分析，兼顾公平和效率的原则，提出对水资源管理的制度安排。为保障水资源的可持续发展，应健全水资源管理的法律制度；建立完善的统一管理制度；改革水价管理制度体系，对弱势群体补贴，实行利益补偿机制；建立良性的节水发展制度；改善污水治理制度。