自进入21世纪以来，各种重大灾难频频发生，每一次灾害所造成的生命财产损失和带来的恐慌都具有历时长久、波及范围广和影响深远的特征，如旱涝、SARS、冰灾、地震等等。对这种非常规突发事件的应急管理已经受世界各国家的重视，也成为各国政府部门面临的一项重要工作。我国自2003年抗击“非典”以来，全面加速了对非常规突发事件应急管理体系的研究和建设。针对目前我国非常规突发事件应急响应过程中存在的指挥混乱、职责不明，难以实现快速联动和协同配合等问题，本文在大量理论研究成果的基础上，通过文献法、对比分析、案例分析等方法对非常规突发事件应急指挥组织应对架构进行研究，并尝试提出适合我国国情的基于组织结构理论的非常规突发事件应急指挥组织结构。论文的主体包括七个部分：第一章：绪论。主要介绍了本文的选题背景和意义，综述了国内外的研究成果以及指出了本论文的主体框架和创新点。第二章：非常规突发事件的相关理论基础。主要对非常规突发事件的概念、特征、分类等基本理论进行了阐述。第三章：非常规突发事件组织运行机理。对非常规突发事件本身的演化机理及应急指挥组织的运行机理分别从不同角度进行了研究。第四章：非常规突发事件下组织应对模式。通过对比中美两国的应急指挥组织架构和组织应急管理基本流程，系统分析了应急指挥组织的应对模式。第五章：突发事件下组织架构创新研究。本章通过借鉴传统组织结构的优势以及对未来组织结构发展的趋势，提出了基于组织结构理论的应急指挥组织结构。第六章：玉树抗震救灾应急指挥架构案例分析。通过对玉树抗震救灾过程中应急指挥组织的设置和架构分析，提出了未来应急指挥组织的改进意见。第七章：结论及展望。总结了本文的主要结论并指出了未来应急管理体系应急管理系统的研究发展方向。