目的：应用GenoType MTBDRplus方法和荧光PCR熔解曲线法两种分子学诊断方法，检测内蒙古地区耐多药结核菌基因突变情况，评价其对耐多药结核菌的临床应用价值；探讨最优VNTR位点组合，为内蒙古地区结核分枝杆菌基因分型和分子流行病学研究提供借鉴。　　方法：菌株来源于2001年WHO/IUATLD全球抗结核药物耐药监测之内蒙古耐药结核病监测菌株1114株，其中比例法药敏结果得到耐多药结核菌188株，将其作为本实验的研究对象，利用GenoType MTBDRplus方法和荧光PCR熔解曲线法分别检测这188株耐多药结核菌菌株对利福平和异烟肼的耐药情况。采用VNTR基因分型方法对选取的21个VNTR位点进行单位点和不同位点组合的分辨力（Hunter—Gaston指数，HGI）分析，探讨适合内蒙古地区的最优VNTR位点组合。　　结果：耐多药检出率：GenoType MTBDRplus方法为56.38％（106/188），荧光PCR熔解曲线法为68.62%（129/188）；利福平耐药检出率：GenoType MTBDRplus方法为84.04%（158/188），荧光PCR熔解曲线法为82.98%（156/188）；异烟肼耐药检出率：GenoType MTBDRplus方法为61.70%（116/188），荧光PCR熔解曲线法为75.53%（142/188）。采用SPSS13.0软件分别对利福平、异烟肼耐药和耐多药菌株做配对设计四格表的X2检验，取检验水准α=0.05。比较两种实验室诊断方法对利福平耐药的检测效果：X2=0.0625，P=0.804>0.05，两种方法检测效果差异无统计学意义；两种实验室诊断方法对异烟肼耐药的检测效果：X2=18.38，P=0.0001<0.05，两种方法检测效果差异有统计学意义；两种实验室诊断方法对耐多药菌株的检测效果：X2=12.90，P=0.0001<0.05，两种方法检测效果差异有统计学意义。选取的22个MIRU-VNTR位点除VNTR3336无法获得单一条带被剔除外，其余21个位点经优化组合后共分为包括国际通用标准15位点在内的8组，其HGI都在0.999以上，其中位点数目最少的VNTR组合为5位点，标准15位点VNTR分型方案HGI为0.99977。　　结论：GenoType MTBDRplus方法和荧光PCR熔解曲线法都可适用于对内蒙古地区结核菌的耐药检测，两种实验室诊断方法对利福平耐药的检测效果优于异烟肼耐药检测效果。两种实验室诊断方法对利福平耐药的检测效果相同，而对异烟肼耐药和耐多药菌株的检测效果不同，荧光PCR熔解曲线法在检测异烟肼耐药和耐多药方面明显优于GenoType MTBDRplus方法。优化后的VNTR位点组合以及标准15位点VNTR分型方案都适用于内蒙古地区结核菌的基因分型，其中分辨力高且VNTR位点数最少的组合为5位点VNTR分型方案。