传染性法氏囊病(IBD)是由传染性法氏囊病病毒(IBDV)引起的严重危害家禽的最重要的免疫抑制病之一，也影响食品安全的可持续发展。家禽业是巴基斯坦的第二大产业，而IBD严重威胁家禽的健康养殖。尽管实施了大规模和高强度的疫苗免疫，IBD在包括巴基斯坦在内的全球许多国家仍然持续存在。然而，在某种程度上，巴基斯坦的IBDV优势流行株和流行模式尚不清楚，甚至在GenBank中找不到巴基斯坦IBDV毒株的的完整基因组信息。所以，很有必要开展巴基斯坦IBDV流行病学研究以揭示免疫失败的原因，以及为抗原匹配度更高的疫苗筛选和创制提供参考。　　IBDV是无囊膜病毒，其基因组是线性双股双节段RNA，A节段长约3.2kb，B节段长约2.8kb。基因组A节段有两个开放阅读框(ORF)，ORFI编码VP5蛋白，ORF2编码多聚蛋白PP。PP会被进一步酶解为VP2、VP3、VP4。VP2是病毒主要的结构蛋白、毒力蛋白和保护性抗原。B节段编码具有RNA依赖的RNA聚合酶活性(RdRp)的VP1蛋白。　　在本研究中，我们开展了一项流行病学调查，涵盖了2017年至2018年巴基斯坦家禽主要养殖区（旁遮普省、信德省、俾路支省和首都伊斯兰堡地区）的29个鸡群。RT-PCR结果显示，87％的检测样品均显示IBDV阳性。对37个IBDV毒株的VP2和VP1基因代表性区段进行了扩增和序列分析。VP2和VP1基因分别是IBDV基因组两个节段的代表性基因，其序列分析对于IBDV的遗传演化分析非常重要。在本研究之前，仅有少量的巴基斯坦毒株的VP2基因的部分片段被报道，VP1基因未见报道。本研究揭示了巴基斯坦IBDV的分子特征。独特的节段重配IBDV(vv-A/Uniq-B)首次被鉴定为巴基斯坦IBDV的优势流行毒株。vv-A/Uniq-B型节段重配IBDV的基因组A节段源自IBDV超强毒(vvIBDV)，而B节段来自一个未知的独特的(unique)祖先。　　为了深入解析巴基斯坦IBDV优势毒株的流行特征，采自巴基斯坦旁遮普省、信德省、俾路支省和首都伊斯兰堡等不同地方6个IBDV毒株（PK2，PK12，PK19，PK28，PK33和PK47）被分离鉴定，克隆并测定了其全长基因组。这是GenBank中第一批巴基斯坦IBDV毒株的全长基因组序列。基因组层面的分析进一步证实了巴基斯坦IBDV优势流行毒株是独特的节段重配病毒(vv-A/Uniq-B)，该类病毒形成独特分子，具有明显的地域特征。基于SPF鸡的动物试验显示，巴基斯坦IBDV均导致高发病率和高死亡率。本研究较清楚地揭示了巴基斯坦IBDV的主要流行特征。　　为了进一步了解目前所用疫苗与巴基斯坦IBDV流行毒株的抗原匹配性，本研究运用SPF鸡对两种疫苗的保护效果进行了评估。攻毒保护试验显示，所用疫苗可以对巴基斯坦IBDV的致死性攻击提供临床保护。此外，本研究进行的一项问卷调查研究发现，疫苗抗原匹配度、生物安全和饲养管理等多种因素均可能影响疫病的防控效果。　　本研究开展了覆盖巴基斯坦主要养禽地区的IBDV流行病学调查。首次克隆、确定和分析了覆盖IBDV基因组两个节段的巴基斯坦IBDV毒株基因和基因组。具有明显地域特征的独特的节段重配IBDV(vv-A/Uniq-B)首次被鉴定为巴基斯坦的IBDV优势流行毒株。巴基斯坦流行毒株引起较高的发病率和致死率。选择的疫苗可以对巴基斯坦IBDV的致死性攻击提供临床保护，饲养管理等多种因素均可能影响疫病的综合防控效果。