目前，我国最新颁布的饮用水相关标准有六项微生物指标，无法全面地反映水中病原微生物的污染状况，还缺少易引起腹泄、肠胃炎等肠道疾病且一般氯消毒方法很难全部杀死的病毒类指标。因此，有必要开展病毒类病原微生物的研究和监测工作。本论文首次建立了PMA-PCR方法用于定性检测活性的轮状病毒、星状病毒和腺病毒，同时也首次建立了PMA-qPCR方法用于定量检测活性的轮状病毒，并将这些方法应用于筛查重点流域典型水源地相关病毒的污染情况。实验结果显示利用PMA-PCR法检测加热处理和未加热处理的阳性样本时表现出显著差异，表明该方法能够区分活性和非活性的轮状病毒、星状病毒、腺病毒。实验结果也显示利用PMA-qPCR法检测加热处理和未加热处理的轮状病毒阳性样本时表现出显著差异，表明该方法能够区分活性和非活性的轮状病毒。这些研究结果证明了PMA-PCR法、PMA-qPCR法的可靠性。在重点流域典型水源地水样的实际应用检测中，辽河流域的QH采样点有活性轮状病毒检出。经PMA-qPCR法定量测定后，该采样点活性轮状病毒的浓度为1.24×105 Copies/L。研究结果充分证明了PMA-PCR法能够成功地应用于三种活性病毒的检测，也充分证明了PMA-qPCR法能够成功地应用于轮状病毒的定量检测。　　 另一方面，为了减轻城市用水压力和美化环境，大部分北京地表水都接纳了污水处理厂的出水。目前，有研究报道中国的14个污水处理厂的活性污泥样本存在核心菌群和独有菌群，而接纳污水处理厂出水的北京地表水的细菌群落情况仍未见有报道，因此有必要调查分析北京地表水细菌群落的情况。本研究首次利用焦磷酸测序技术分析5个北京地表水水样的细菌多样性，作为初步监测复杂环境中细菌群落的基本参考。经过测序得到60810条优化序列，平均长度为400 bp，并使用Mothur软件对优化序列进行归类。研究结果充分展示了从门水平到属水平的地表水菌群组成情况，其中相对丰度较高的门依次为变形菌门（Proteobacteria），其相对丰度分别占总OTU数目的20.28％～67.89％;放线菌门（Actinobacteria），分别占总OTU数目的19.78％～53.59％;拟杆菌（Bacteroidetes），分别占总OTU数目的3.85％～16.14％;另外，还有疣微菌门（Verrucomicrobia）和蓝藻门（Cyanobacteria），分别占总OTU数目的0.55％～7.25％和0.68％～2.60％等。这5个门分别占总OTU数目91.70％～98.50％。研究结果还显示了5个北京地表水样本中存在核心菌群，即门水平上有13个核心菌群，纲水平上由23个核心菌群，目水平上有32个核心菌群，科水平上有40个核心菌群，属水平上有40个核心菌群。还证明了5个处于不同地理位置的地表水样中存在相对丰度＜0.5％的独有菌群，即目水平上有19个独有菌群，科水平上有49个独有菌群，属水平上有100个独有菌群。通过Weighted Unifrac PCA分析表明处于地表水样本1和样本2的细菌群落结构更相似。此外，研究结果还说明了污水处理厂活性污泥样本的细菌群落多样性对北京地表水的细菌群落多样性有一定的影响。