西藏属于祖国的重要边陲，经济起步晚，发展缓慢，多年来，国家一直对西藏农牧民实行免费医疗政策。2003年以后，国家逐步向全国推行新型农村合作医疗制度，西藏自治区政府整合规范了已运行50多年的免费医疗，推出了融免费医疗与新型农村合作医疗优点为一体的具有西藏特色的新型农牧区合作医疗。本文通过文献的查阅和部分数据信息的搜集，根据西藏特殊的地理位置和政治环境对西藏新型农牧区合作医疗实施现状和存在的困境做出了分析，主要从五个部分进行了论述：第一部分是绪论，主要阐述了选题的背景、意义及论文的内容与方法，罗列出了论文的可能创新点和不足之处。第二部分是从西藏新型农牧区合作医疗的覆盖率、资金筹资、报销补偿、资金管理等四个方面进行了现状分析。第三部分主要从农牧区医疗经办机构人员的匮乏、报销补偿程序过于繁琐、传统藏药材料的过度采挖等三个方面分析了一下西藏新型农牧区合作医疗实施过程中存在的困境。第四部分主要阐述了我国的新疆、内蒙古新型农村合作医疗的运行情况，并且跟西藏新型农牧区合作医疗的运行情况做了一下简单的对比分析，旨在能够对今后西藏新型农牧区合作医疗的发展有所启示。第五部分从加大医疗基础设施及技术的投入力度、制定合理的基金筹集及管理制度、完善农牧区医疗报销补偿程序、发挥传统藏医药的特殊作用等四方面来提出西藏新型农牧区合作医疗实施过程中存在困境的对策。