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李登辉和陈水扁担任台湾地区领导人时期，台日实质关系得到发展。2009年马英九成为中国台湾地区新的领导人，两岸关系得到明显改善和发展。台日关系出现一定的紧张迹象，究其原因，主要是日方对新上台的马英九当局缺乏信任。引起缺乏信任的因素主要包括钓鱼岛问题和马英九的反日情结、马英九当局无“知日派”、两岸关系迅速发展等方面。马英九当局重视对日关系，采取多种措施缓和紧张局面。