本文用七种不同的培养基对真枝藻目中的一种软管藻进行了人工培养，观察、记录了结果并探讨了目前用于蓝藻形态分类指标的稳定性和可靠性。结果表明：所用软管藻在不同的培养基中形态明显不同；不同的营养成分和浓度对软管藻的形态建成影响很大。说明在蓝藻中藻体分枝的长短和细胞的形态不是稳定的形态指标，应用于蓝藻的分类研究中是不合适的；蓝藻的分枝形状比较稳定，能作为蓝藻的分类指标。本研究认为，常规的蓝藻形态学分类方法难以提供稳定的证据，需要用新的更稳定的特征作为蓝藻的分类指标。 为了确定真枝藻的系统学位置和丝状蓝藻的系统发生关系，本论文选用16S rRNh基因作为分子标记，用序列分析软件PAUP(4.0b4a)对29种丝状蓝藻的部分16S rRNA基因序列构建了MP、ML和NJ树，并进行了系统学分析。论文的研究结果和国际上广泛采用的将丝状蓝藻分为三个目是基本一致的；在丝状蓝藻中，真枝藻类是多系起源的，该类群出现较晚，属于较进化的类群；蓝藻是最原始的类群，是多系起源的；念珠藻在系统发育树上出现最晚，属于最进化的类群。