在校企合作创新中，完善地收益分配机制是保障各成员合理利益的必要措施，也是整个合作创新过程中的关键一环。目前，已有的收益分配机制还存在滞后性、收益分配机理与现实脱节、激励机制不突出等问题，进而导致合作效率不高、创新成果不突出的低层合作创新，不仅浪费了国家资源，而且羁绊了整个产业向前发展的脚步。因此，在理论结合实际的基础上，如何设计一个成员利益与合作整体利益一致的动态自激励收益分配契约，仍是校企合作创新收益分配研究的一大难点。　　本文正是在这样的背景下，提出以成员实际贡献水平为因子设计收益分配补偿方案，引入动态自激励机制，激发成员积极的合作行为选择。首先，在事前收益分配契约的基础上，利用演化博弈理论分析其激励效果，结果表明激励效果不理想；在此基础上，提出收益分配补偿的确切涵义，论述进行收益分配补偿的必要意义以及如何进行补偿的基本框架；进一步对成员实际贡献进行评定，基于成员实际贡献构建补偿因子，并给出补偿因子的判别过程以及补偿系数的计算过程，构建收益分配补偿模型，形成最终的收益分配方案；最后，根据校企合作创新的实际情况总结收益分配补偿方案的保障措施以提高本研究的实际应用价值。