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本文利用第二代测序技术对鄱阳湖微生物多样性进行了研究,在域(Domain)的水平上,古生菌(Archaea)占0.2%,绝大部分(99.705%)属于细菌域;细菌域中在门(Phyla)水平上,变形菌门(Proteobacteria)45%、拟杆菌门(Bacteroidetes)13%、厚壁菌门(Firmicutes)8%、放线菌门(Actinobacteria)7%、浮霉菌门(Planctomycetes)5%、疣微菌门(Verrucomicrobia)4%、蓝菌门(Cyanobacteria)4%、酸杆菌门(Acidobacteria)4%、绿弯菌门(Chloroflexi)2%、装甲菌门(Armatimonadetes)1%、衣原体门(Chlamydiae)1%、TM7(1%);Proteobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes和Actinobacteria是优势类群。其中装甲菌门(Armatimonadetes)1%、衣原体门(Chlamydiae)1%、TM7(1%)、Thermi、绿弯菌门(Chloroflexi)在之前研究中未见报告;在属(Genus)的水平上,占优势的有浮霉状菌属(Planctomyces)、黄杆菌属(Flavobacterium)、原绿球藻属(Prochlorococcus)、新鞘脂菌属(Novosphingobium)、Hydrocarboniphaga、气微菌属(Aeromicrobium)、红长命菌属(Rubrivivax)、Polynucleobacter、假单胞菌属(Pseudomonas)、草酸杆菌属(Oxalobacter)。鄱阳湖的优势菌群种类在门的水平上较之前的研究并没有显著的变化,但在鄱阳湖最主要的微生物菌群的相对丰度上是有变化的,就各个采样点而言所选取的采样点之间未见微生物群落有显著变化和显著不同。而从鄱阳湖湖区的北部和南部来看,显出了一种九月份鄱阳湖微生物的丰富度呈现从北至南逐渐减少的趋势,显出了一种在八月份前后鄱阳湖微生物的丰富度呈现从北至南逐渐增多的趋势,这些趋势与前面提到的单个采样点呈现的微生物丰富度变化趋势是一致的,我们可以初步推断,鄱阳湖北部湖区与南部湖区的微生物丰富度呈现一种动态变化中,而八月至九月间很可能为这一动态变化趋势呈现反转变化的一个时间段。从群落结构上,我们可以推断从2007年到2014年鄱阳湖湖泊水富营养化状况趋于严重的情况的趋势并没有改变。PCA分析表明南矶乡的样品和吴城的样品与星子、康山和梅溪采样点的样品比较差异性相对较大。