苦瓜(Momorrdica charantiaL.)是我国南方的重要蔬菜,栽培面积逐年在扩大。由于受种质资源的分布、栽培演变和消费习惯的制约,其遗传基础较狭窄,遗传多样性远远低于同属的黄瓜和甜瓜,给杂交育种的亲本选配造成了困难,同时也影响了苦瓜分子标记辅助育种的研究,如遗传图谱构建、功能基因定位和克隆。因此,挖掘遗传多样性丰富的种质资源对苦瓜遗传育种及生产意义非常重大。本研究以来源于不同国家和地区的51份苦瓜材料为试材,采用ISSR、SSR和SRAP分子标记结合形态学标记研究苦瓜种质的遗传多样性,在分子标记分析中,利用NTSYS-pc2.10e软件对3种分子标记扩增出来的总条带数进行统计分析,最后用UPGMA(非加权算术平均聚类)法生成分子标记分析聚类图。同时以04-17和25为亲本,采用主基因+多基因混合遗传模型分析了平均芽长、生长速度、叶绿素含量、子叶长和子叶宽等苗期重要性状的遗传规律,主要结果如下:(1)对31个形态学性状调查分析表明,供试的51份苦瓜材料间形态学性状差异较大,平均变异系数为25.73%,其中苦味的变异系数最大,为55.79%,果实硬度的变异系数最小,为5.40%;31个形态学性状中,始花期与第一雌花节位等25对性状间表现为极显著正相关,瓜横径与瓜形指数等21对性状间表现为极显著负相关,果实硬度与瓜肉厚度等16对性状间表现为显著正相关,单瓜重与商品瓜纵径等16对性状间表现为显著负相关;主成分分析中,累计贡献率达到73.47%的为前10个因子。形态学的聚类分析在遗传距离为0.46处,将51份材料可以被分为七大类群,在阈值0.24处又将第一大类细分为17亚类。(2)对三种标记的引物进行筛选,104对ISSR引物中有19对有多态性,200对苦瓜近缘种的SSR引物中仅有13对有多态性,且引物全部来自于黄瓜,由此可以得出,苦瓜近缘种的SSR引物,在苦瓜材料中的穿梭能力低即通用性很差。638对SRAP引物中有30对有多态性,3种分子标记扩增出的条带总数为702条,其中249条具有多态性,平均多态性百分率分别为43.68%,平均每个位点扩增2.82条。供试的52份苦瓜材料的遗传相似系数在0.4859-0.8112之间,平均相似系数为0.6133。分子标记分析将52份种质在遗传相似系数为0.63处分为七大类群,其中第一类群的苦瓜种质最多。(3)将51份种质资源的形态学聚类结果与52份的分子标记聚类结果进行了比较,发现分子标记的聚类分析结果与形态学聚类结果具有一定的相似性,在两种分类方法中,来源于日本、中国海南和中国广州的苦瓜种质都被划分在同一类,说明这些材料有较近的亲缘关系。(4)苗期重要性状的遗传分析结果表明,平均芽长由2对加性-显性-上位性基因共同控制;生长速度由1对加性-显性主基因+加性-显性-上位性多基因控制;苗期叶绿素含量的遗传是受完全显性基因控制;子叶宽的遗传是由负向完全显性基因控制;苦瓜子叶长是由加性-显性基因控制,存在着加性负效应和显性负效应。从以上5个苗期性状的遗传分析可以看出,环境因素对苦瓜苗期性状遗传的影响非常大。