目前，绩效评价已逐渐被用于公共财政支出管理领域。世界不同类型的国家都在对绩效评价进行广泛而又深入的理论研究和实践探索。对照我国《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》部署和要求，尤其在我国公共财政专项教育经费数额巨大且不断增长的背景下，如何通过构建科学的指标体系、形成有效地绩效评价机制、衡量绩效目标完成程度，并以此来改善与提高我国教育经费的管理及使用效率，不仅是必须面对的教育经费管理和使用中的重大实践性课题，同样也是促进政府管理职能转变、推动教育公共治理进程、实现教育发展模式转变和驱动教育管理理论创新的重要基础性工作。　　自高等教育“大扩招”以来，我国及各地政府不断通过公共财政专项经费支持高校发展。与此相伴，高校公共财政专项绩效评价研究也同步开展。通过文献梳理发现，受多种因素影响，相关研究主要还是集中于相关理论探索、运用不同方法进行评价指标体系的构建等方面。本研究通过分析国内外常用的构建绩效评价指标体系的方法，对国外高等教育公共财政专项绩效评价特点以及世界银行的项目绩效评价方法等进行总结，从而总结一些我国高校公共财政专项绩效评价工作可以借鉴和吸收的经验与做法。　　在学习相关理论和已有研究的基础上，本研究主要基于逻辑框架法这一国际常用的管理、评价方法，运用逻辑框架法所含有的四大层次（投入/产出/目的/目标）、两种逻辑关系（垂直逻辑关系和水平逻辑关系），结合其特有的制定原则，对我国高校公共财政专项经费的绩效评价进行指标构建，在构建通用指标的基础上，设置专用指标。同时，通过专家咨询法确定指标体系的分层权重，为客观、合理地评价高校公共财政专项经费投入绩效提供保障。　　为提高评价指标体系的实际可操作性，本研究选择国家重点学科建设项目作为案例，进行指标体系的实际运用检验，并对提高国家和各地高校公共财政专项经费绩效评价水平提出相应的建议。