血液肿瘤遗传资源数据库组织结构分析、设计及初步应用

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背景血液肿瘤指累及血液、造血组织及器官的恶性克隆性疾病。近年来大量的研究资料表明:染色体及位于染色体上的基因异常是导致血液肿瘤发病的重要原因。随着生物技术以及生物信息学的发展,为了对血液肿瘤的发病机理、生物学表型、临床诊断治疗、微小残留病的监测及预后等方面进行有效细致的深入研究,全面收集血液肿瘤患者的疾病资料变得非常重要。目的(1)开发遗传学资源数据库,用以大规模收集血液肿瘤遗传学标本及其相关检查信息(2)设计从医院信息管理系统(Hospital Information System,HIS)提取授权范围内信息到资源中心数据库的实施方案。(3)应用Webservice技术对各资源中心数据库进行进行整合,并初步实现在医疗、科研和教学上的应用。方法(1)分析医疗、教学、科研对数据库的需求,对血液遗传资源数据库进行整体结构设计。(2)在资源收集层,采用java技术开发跨平台的资源收集组件,解决血液肿瘤骨髓细胞形态学、免疫学、细胞遗传学和分子生物学检测(Morphology,Immunology,Cytogenetics,Molecular biology,MICM)诊断信息的跨平台收集问题。检查结果信息和检查原始实验文件通过局域网收集到实验室本地数据库,形成血液肿瘤资源中心。(3)采用Delphi6开发实验室通用标本管理软件,对实验室的标本存储、使用进行规范化管理,达到标本管理信息化,实现标本从物理库向信息库的提升。(4)在资源整合层,采用webservice技术将各资源中心所收集的血液肿瘤资源信息以标准的可扩展置标语言(EXtensibleMarkup Language,XML)数据格式在互联网上提供数据接口(5)在数据综合应用层,建立综合应用检索平台,通过访问互联网上的数据接口从各资源中心提取数据,实现跨资源中心的联合检索等初步应用。结果(1)课题完成了对血液肿瘤遗传学资源数据库的整体结构设计。(2)运用java技术已经开发完成了:①细胞遗传学检查结果收集系统,②荧光原位杂交检查结果收集系统,③流式细胞仪检查结果收集系统,实现了对实验室细胞遗传学检查结果和荧光原位杂交检查结果信息的收集;(3)开发完成实验室标本管理系统部署在实验室PC机上,实现对血液科实验室标本的管理。(4)建立了一个简单的综合应用检索平台,通过各资源中心提供的webservice数据接口,联合检索各资源中心的数据,初步实现跨中心的标本数据检索探索。讨论本课题初步实现了血液肿瘤遗传资源及相关信息的有效收集,并为跨资源中心的联合数据检索和数据挖掘提供了可行的应用方案。①课题应用java技术的跨平台性,解决了前期资源信息收集存在的问题,实现对MICM资源的跨平台收集;②应用webservice技术的跨区域整合和应用程序集成特性,建立标准化的资源中心webservice数据接口,利用综合信息检索平台调用不同中心的数据,可实现跨区域的血液肿瘤遗传学资源的跨区域整合。完成了与医院信息管理系统整合部分的结构设计。该系统的完成和在课题合作单位中的大规模部署,①将使血液肿瘤遗传学资源在一定区域范围内得到了有效整合,可为统计研究提供了大样本病历资料;②将各资源中心各自收集的血液肿瘤标本进行统一检索,在一定程度上提高标本的共享利用,加大了专业领域内研究合作的可能;③为进行大规模的药物筛选、疗效评估提供研究平台。
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