甜菜是我国北方主要的糖料作物。甜菜生长周期长、容易发生杂交，因此种质保存鉴定难度较大，性状检测周期长、效率低，传统的甜菜育种方法既耗时又费力。分子标记准确、高效，不受生长环境、发育阶段、实验条件等因素的影响，在甜菜育种及种质资源开发利用中均有重要作用。在众多类型的分子标记中，SSR标记的检测准确性和重复性都比较高，更适合进行性状评价、遗传作图等对准确性要求较高的研究，然而，我国目前已开发的甜菜SSR分子标记还比较少，许多研究还需要使用无物种特异性的标记。SSR分子标记的缺乏严重制约着相关研究的开展。　　本研究利用课题组前期收集的甜菜序列信息，采用生物信息学手段高通量地挖掘SSR分子标记位点，再通过质量筛选与多态性筛选等实验进行候选标记的开发，获得新的甜菜候选SSR标记作为标记材料;再以课题组已建立的分离群体为材料，将所开发的候选标记应用于BSA分析，筛选出有希望与雄蕊育性连锁的SSR标记。通过本研究，将获得新的甜菜标记材料，并有望通过进一步验证获得与育性连锁的SSR分子标记，为种质资源评价、分子标记辅助育种等相关研究奠定基础。　　主要研究成果如下:　　(1)课题组已利用数据库搜索法得到甜菜EST序列29857条，GSS序列89519条，通过高通量RNA测序得到转录组序列55782条，其中未以EST形式报道的转录组序列37447条。对3个数据库中的SSR引物进行开发，共挖掘甜菜的SSR位点约一万个，其中成功设计引物的有效EST-SSR位点1200个，GSS-SSR位点2459个，RNA-SSR位点2344个。　　(2)随机选取其中800个位点合成引物进行质量筛选，得到272对优质引物;用6份远缘种质对优质引物进行多态性筛选，保留PIC值大于0.24的引物，一共得到119个候选标记，并经复筛得到68个适用于分离群体的候选标记。　　(3)将所得候选标记应用于BSA分析，利用课题组所构建的F2分离群体，筛选与雄蕊育性相关的标记，共得到8个有望与育性关联的SSR标记;用60个分离世代个体对标记与性状的关联性进行验证，其中有5个重组率小于50％，有望与育性连锁的标记。