近十几年，分子生物学技术的发展和应用，大大促进了各种生物线粒体DNA(MtDNA)的研究，MtDNA的多态性己被发现。它作为一种遗传标记，对于研究动物的起源进化、亲缘关系、及其与体细胞核移植效率关系等方面都具有重要意义。 本研究通过聚合酶链式反应（PCR）与限制性内切酶片断长度多态性（RFLP）相结合，对实验牛外周血进行线粒体DNA抽提，按照MtDNA的限制性酶切图谱划分为A、B、C、D四种主要线粒体单倍型；在此基础上选择在群体中分布较多的A型和C型中国荷斯坦牛作为主要研究对象，设计引物扩增全长线粒体DNA，通过对其进行序列测定，分析，绘制系统进化发育树。测序得到大量的多态性位点和突变位点等遗传信息，并进行了序列分析，最终实现进一步分型。 本研究针对体细胞核移植过程中线粒体单倍型影响其效率的关键问题，阐明了中国荷斯坦牛线粒体DNA全序列多态性及其起源关系，试图为提高体细胞核移植效率提供新的指导思路,为线粒体DNA多态性检测芯片的研究奠定了基础。