丛枝菌根真菌(AMF)是一类广泛存在的与宿主植物进行互利共生的真菌,共生双方双向转运营养成分,克服各种生物与非生物胁迫。AMF与植物共生是一个精细的分子调控过程,从预共生时期的信号对话,到共生阶段的植物胁迫防御、细胞形态重塑,每一步都有大量生物分子参与,不同于传统模式植物百脉根和苜蓿,本研究选用木本豆科植物紫穗槐作为AMF的宿主植物,可能有不同的分子机制,从转录水平上筛选AMF与紫穗槐共生相关基因。利用转录组测序技术筛选AMF在定植紫穗槐的过程中紫穗槐差异表达基因,经过筛查得到差异表达基因2460个,其中上调表达基因881个,下调表达基因1579个。排除未知功能基因、只能够进行功能预测的基因以及表达量差异较小的基因,并且当基因的样本间差异结果同时满足以下几项条件时:Fold change>1,FDR(q-value)<0.001,至少有一个样本的RPKM>20,因此通过该标准筛选到显著差异表达基因285个,其中上调基因82个,下调基因203个。为近一步分析AMF在侵染紫穗槐过程中紫穗槐菌根差异表达基因的生物学功能,根据数据库提供的蛋白信息,GO分类信息,KOG分类信息以及相关文献的信息,将显著上调的82个差异表达基因进行功能分类,结果表明,82个差异表达基因可以被分为以下七大类,分别是:胁迫防御、信号转导、代谢、蛋白折叠与降解、蛋白合成、能量以及转录。同时对203个下调基因进行进一步筛选,筛选标准是Fold change>2,得到更为显著地下调基因50个,通过相关文献的以及数据库提供的蛋白信息,发现大部分下调基因在胁迫防御功能上起到重要作用。利用SYBR Green实时定量PCR分析对照组和接菌处理组的表达差异,本研究选择6个显著差异的表达基因,成功验证出4个基因的表达量与转录组测序相吻合,表明测序结果真实可信。AMF与紫穗槐共生的过程是一个系统涉及各种生物过程的活动,有机体各方面功能域协调系统工作最终完成AMF与紫穗槐的共生,以便营养交换。