目的:监测福州海港口岸鼠形动物巴尔通体感染状况。掌握福州海港口岸鼠形动物巴尔通体菌种基因类型、遗传特征和变异关系。研究对象与方法:2013年2月-2014年1月通过随机抽样,抽取福州海港口岸4个监测点。采用鼠笼法捕获鼠形动物,进行相关分类和鉴定。采用PCR方法检测鼠形动物巴尔通体的阳性率,并对PCR产物进行测序及系统进化分析。同时进行巴尔通体与常见鼠形动物感染病原生物共感染的检测:采用套式RT-PCR检测汉坦病毒;采用PCR检测钩端螺旋体;采用反向间接血凝实验检测鼠疫F1抗原,间接血凝实验检测鼠疫F1抗体。结果:共捕获和鉴定鼠形动物212只,分别隶属2目2科3属4种。鼠密度2.31%。黄胸鼠84只,占39%,为优势种群。巴尔通体阳性率为0.94%。遗传进化分析显示检出的巴尔通体1株与B.taylorii的同源性为98%,1株与B.tribocorum的同源性为99%。汉坦病毒阳性8份,阳性率为3.77%;钩端螺旋体阳性5份,阳性率为2.36%;鼠疫耶尔森菌阳性0份。未检测到鼠形动物巴尔通体与汉坦病毒、钩端螺旋体、鼠疫耶尔森菌的共感染。检测出2只鼠形动物共感染汉坦病毒和钩端螺旋体,阳性率0.94%。结论:福州海港口岸鼠形动物中存在巴尔通体感染,其基因类型具备人类致病,存在人群感染风险,其流行情况需待进一步调查研究。此外,福州海港口岸鼠形动物中汉坦病毒、钩端螺旋体阳性率高。